【摘要】摘要：传统分子生物学着重于研究单个基因功能,但生物体是一个复杂的系统,基因间彼此相互作用形成网络,基因网络的功能并不简单的是单个基因功能之和。因此在后基因组时代,功能基因组的目标之一是从已有的海量试验数据中挖掘基因网络,并分析其隐含的生物规律。MicroRNA(miRNA)基因广泛存在于各种动植物、一些病毒甚至藻类中,microRNA之间的协同作用是一个被广泛接受的调控机制,但是从系统的角 […]

【摘要】蛋白质相互作用是细胞中最重要的功能元件之一。目前，科学家特别关注miRNA调控蛋白质相互作用双色网络的研究。这不仅有助于理解miRNA在蛋白质相互作用网络中的微调作用，而且也可以为疫病诊断提供科学依据。高致病性猪繁殖与呼吸综合征（HP-PRRS）和猪流感（SI）严重危害养猪业。在本研究中，我们预测出猪的蛋白质相互作用网络，并构建出miRNA调控蛋白质相互作用的双色网络，研究了高致病性猪繁殖 […]

【摘要】分子相互作用是所有细胞过程中必不可少的。对分子相互作用网络的解读不仅使我们了解基因和蛋白质的功能,也为我们理解生物体内更高层次的调控机制提供了突破口。在酿酒酵母、人类、果蝇、线虫和拟南芥中,全基因组酵母双杂交筛选和大规模的亲和纯化／质谱分析实验已经被报道。基于此建立了一些蛋白质相互作用数据库,如IntAct,BioGRID,BIND,TAIR等。然而,迄今为止还没有实验能将植物和人类的全部 […]

【摘要】低聚果糖（FOS）是指2-10个果糖基为链节，以β(2-1)或β(2-6)糖苷键连接形成的碳水化合物聚合物。作为一种常用的益生元，FOS具有选择性地促进肠道中乳杆菌和双歧杆菌生长从而显著改善肠道菌群平衡的功能。尽管FOS的益生功能已被大量体内和体外研究证实，然而乳酸菌对FOS的代谢通路及其具体机制尚未阐明。本论文以植物乳杆菌ST-III为研究对象，基于系统生物学策略描述植物乳杆菌ST-II […]

【摘要】系统生物学采用系统性整合分析策略阐释生命体中各层次组分间的相互作用机制，阐明生命系统在不同的条件和时间跨度下的动态调控模式及动力学特性。系统生物学作为整合性科学，需要对多种组学数据进行整合分析，从而系统地描述生物体内如基因和蛋白质等组分间的调控关系。数学建模和组学分析方法，是系统生物学中最为重要的两种研究方法。本文研究包括两部分内容：（1）是应用数学建模方法对干扰素-γ（IFN-γ）和白介 […]

【摘要】体节（Somite）是所有脊椎动物胚胎发育早期在准体节中胚层（PSM）内沿从头到尾的方向按固定时间间隔不断重复形成的上皮细胞团。体节发生（Somitogenesis）是指体节形成的生物学过程，这一过程在时间和空间上都受到严格调控，从而保证体节以固定的时间间隔在正确的位置生成。如果体节发生过程受到干扰，形成的体节就会出现缺陷，从而导致身体发育异常，产生各种先天性疾病。因此，作为脊椎动物身体发 […]

【摘要】随着系统生物学和医学的快速发展,布尔网络已经成为当前控制领域的研究热点.然而,在实际的布尔网络中,由于存在试图重构给定网络的外部干扰或控制,以及网络进化异步行为的影响,多模态切换现象广泛存在.这些多模态切换行为使得布尔网络的性能分析与控制设计变得异常复杂.本文利用矩阵的半张量积方法研究切换布尔网络的若干分析与控制问题,并将所得结果应用于系统生物学、组合电路的故障诊断和有限域网络的趋同分析. […]