基于二代测序技术的结直肠癌中Wnt通路相关基因的indel检测与细胞功能研究

基于二代测序技术的结直肠癌中Wnt通路相关基因的indel检测与细胞功能研究

作者:师大云端图书馆 时间:2015-10-15 分类:毕业论文 喜欢:2467
师大云端图书馆

【摘要】TFDP1,全称为TranscriptionfactorDp-1,是一种重要的转录因子,是与癌症密切相关的Wnt/β-catenin信号通路中的一员。TFDP1的生物学功能主要是与转录因子E2F结合形成异源二聚体,抑制其下游Wnt/β-catenin通路的表达,实现对细胞周期和细胞分化等功能的调控。近年来对消化系统恶性肿瘤的研究发现,90%以上的结直肠癌存在着Wnt/p-catenin信号通路的异常激活,通常伴随着该通路中某些关键成员的基因变异,如APC、p-catenin、Axin等基因的插入/缺失突变,即indel。研究这些Wnt/β-catenin信号通路中重要基因的变异对结直肠癌的发生和发展的影响,对检测与治疗结直肠癌具有重要意义。然而,作为与该信号通路相关的众多转录因子中的一员,TFDP1基因的变异与结直肠癌之间的关系尚未有相关的深入研究。indel的含义为基因组中一段核酸序列的插入或缺失,以单核苷酸的插入/缺失最为常见。很多研究显示,基因组中的indel与癌基因激活之间存在着密切的联系。目前,检测indel突变的最常见方法为第二代高通量测序技术,它具有高通量、快速、高效的优势,对基因组研究带来了革命性的变革。然而,以往对于癌症的基因突变检测大部分还停留在对单个基因或者全基因组的外显子区域进行研究,对于特定基因的上游调控基因和下游靶基因等区域的研究鲜有报道。为了研究Wnt/β-catenin信号通路的成员之间的上下游调控关系对结直肠癌致病机理的影响,有必要对相关基因的包括上下游及内含子在内的全基因组区域进行检测。在本文的第一部分,我们以Wnt/p-catenin信号通路的31个重要基因为目标,利用NimbleGen序列捕获技术将30对结直肠癌及癌旁DNA样品的进行捕获,随后通过第二代高通量测序技术进行测序研究。最终,我们鉴定出了上1110个从未被报道过的indel突变,其中很多indel位于基因的上下游区域及基因间区域。在本文的第二部分,我们以TFDP1基因中新发现的inde184作为研究对象,将带有inde184的TFDP1基因在结直肠癌细胞中过量表达,通过检测TFDP1基因的变异给细胞功能带来的变化,发现了inde184对细胞增殖、细胞迁移和细胞侵袭等功能的促进,为进一步揭示结直肠癌的发生和发展的机理提供了理论依据。
【作者】陈辰;
【导师】林标扬;杨卫军;
【作者基本信息】浙江大学,生物学,2013,博士
【关键词】结直肠癌;TFDP1;indel;第二代测序技术;序列捕获技术;细胞功能;Wnt/β-catenin信号通路;

【参考文献】
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