Bioinformatics Analysis of Glutamine Supplementation on Signaling Pathways in HepG2Cells

Bioinformatics Analysis of Glutamine Supplementation on Signaling Pathways in HepG2Cells

作者:师大云端图书馆 时间:2016-09-15 分类:硕士论文 喜欢:921
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【摘要】Glutamineisanonessentialaminoacidbutitisessentialforcellproliferationanditspresenceisrequiredforthesmoothprocessofcellsignalingpathways.Themechanismsofdifferencesinproteinexpressionchangesandfunctionalannotationduringre-supplementedglutamineitisstillnotfullyunderstood.Toidentifythemolecularpathwaysassociatedwithglutaminesignalingpathway,weperformedbioinformaticsanalysisofglutaminedeprivationandre-supplementedglutamineinHepG2cellsusingiTRAQapproach(isobarictagsforrelativeandabsolutequantitation).ThesamplesofcellswereharvestedforextractandcleavedwithtrypsinandtheresultingpeptideswerelabeledwithiTRAQreagents.LabeledpeptidesseparatedbystrongcationexchangeandreversedphaseLCandanalyzedbyMALDI-TOF/TOFMS.ProteinsidentificationwereperformedbyusingMascotsearchengine(MatrixScience,London,UK;version2.3.02)againstdatabasecontainingtherelatedsequences.Theresultsofthisstudyfound10uniqueproteinswereidentifieddifferentiallyexpressedinHepG2cells.ProteinsfoundtobeassociatedwiththeirfunctionsonGFPO,TRSB,EPC,LTM,AATM,andSMBTC,evenfoundsignificantlyuptodownregulatedproteinsALDH8A1andADH1Cduringbothtreatments.Weconcludethattheup-regulatedproteinsinducedbyglutaminedeprivationbecauseover-expressionoftheproteinsduetometabolicstress.Instead,re-supplementedglutamine,thecellsnutritionalneedscanbedistributedandfulfilled,sothattheexpressionofproteinsassociatedwiththepathwaysgoingdownagain.Insummary,ourfindingprovidedacomprehensiveproteinprofilesrelevanttothesignalingpathwaysofglutaminedeprivationandre-supplementedglutamineinHepG2cells.
【作者】罗迪亚(MuhamadRodiallah);
【导师】晏向华;
【作者基本信息】华中农业大学,动物营养与饲料科学,2014,硕士
【关键词】glutamine;iTRAQ;bioinformatics;signalingpathway;HepG2cell;

【参考文献】
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