深度测序数据表现和交换的全能格式及其编辑工具

深度测序数据表现和交换的全能格式及其编辑工具

作者:师大云端图书馆 时间:2021-03-22 分类:参考文献 喜欢:3443
师大云端图书馆

【摘要】随着下一代测序技术的飞速发展,产生了数以万计的数据,下游的分析软件也呈指数增长。然而,这些软件之间的标准不统一,往往定义了自己的数据格式。因此,在多个软件间进行数据交换就显得尤为困难。本文为解决这个难题,从两个层次逐步深入。首先,开发出了一款界面友好,功能强大的数据格式转换软件。但是,数据格式转换仍然存在诸多问题,如数据丢失,耗费时间等。接着,本文提出了一种用于下一代测序的通用数据格式NGSML。使用NGSML格式就可以解决大量数据间的交换与显示问题,极大地方便研究人员将精力专注于所研究的核心问题上,而忽略数据格式转换等繁琐的问题。同时,为了便于NGSML格式的操作,我们开发出了一款易于使用的编辑软件,方便用户编辑和展示NGSML文件。最后,本文将NGSML格式应用到了具体的问题中。在POMA软件的数据存储中使用了NGSML数据格式,展示NGSML格式的强大功能和高度的可扩展性。
【作者】吴文涛;
【导师】沈百荣;
【作者基本信息】苏州大学,系统生物学,2014,硕士
【关键词】下一代测序;数据格式;格式转换;

【参考文献】
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