我国主要烟区烟草黄瓜花叶病毒的鉴定及全基因组序列分析

【摘要】黄瓜花叶病毒(Cucumbermosaicvirus,CMV)是典型的三分体正义单链RNA(Positivesensesingle-strandedRNA,+ssRNA)病毒,CMV属于雀麦花叶病毒科(Bromoviridae)黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)。本研究对409份病毒病样品进行了CMV的ELISA检测,对部分CMV阳性样品进行了CMV的基因组扩增,并进行了生物信息学分析,得到以下研究结果：1.ELISA检测结果显示全国409份样品中有123个样品为CMV阳性,检出率为30.1%,除了福建省,其它省区均检测CMV的侵染,安徽宣城烟区的26个样品中有19个呈CMV阳性,检出率高达73.1%,最低检出率的辽宁烟区也有11.8%,可见CMV在我国主要烟区分布广泛,危害十分严重。2.11个CMV分离物基因组序列之间两两比对结果显示,分离物11XC02亚组Ⅱ代表株系Q的序列同源性较高,与亚组IA和亚组IB代表株系的同源性较低,而其它10个分离物则与11XC02相反,与亚组Ⅱ株系Q的同源性较低，而与亚组IA和IB的同源性较高,这表明分离物11XC02属于亚组Ⅱ株系,而其它10个分离物属于亚组Ⅰ；从RNA35’UTR结构比较图也能看出,11XC02与亚组Ⅱ株系结构相似,其它10个分离物与亚组IB相似；系统进化关系显示11XC02与CMV亚组Ⅱ株系聚在一组,亲缘关系较近,而其它10个分离物则与亚组IB株系亲缘关系较近,其中CP基因系统进化树显示分离物Shilin和XC09与亚组Ⅱ株系分在一组,较亚组IB亲缘关系更近,这说明分离物Shilin和XC09的CP基因区域可能发生了变异,使得它们的进化关系更加趋近于亚组IA。3.RDP4软件分析显示,本研究中有11个重组事件。3条RNA分子都有重组事件发生,其中RNA1分子的3个重组是亚组IB的组间重组,RNA2分子的2个重组也是亚组IB的组间重组,Shilin和XC09等5个重组分离物的RNA3分子发生6个重组事件,都是亚组队和IB之间的重组,为组间重组,且重组区域包含CP基因区段,而之前的CP基因系统进化关系显示Shilin和XC09的CP基因区域可能发生了变异,两者分析结果一致。
【作者】金大伟；
【导师】侯明生；杨军；
【作者基本信息】华中农业大学，植物病理学，2014，硕士
【关键词】烟草；黄瓜花叶病毒；全基因组序列；系统进化分析；重组分析；

【参考文献】
[1]王清.产业空间分异对城市群空间组织的动态作用模式研究[D].浙江财经学院,产业经济学,2013,硕士.
[2]陈凯.搅拌设备智能化计算机辅助设计系统的完善[D].浙江大学,化学工艺,2003,硕士.
[3]张耀春,干解民,徐端,孙奕清.宝钢1580mm热轧MIS支持系统的设计与实现[J].冶金自动化,1997,06:31-33+49.
[4]王超.反垄断和解制度的经济学研究[D].北京交通大学,2009.
[5]段宇锋.网络链接分析与网站评价研究[D].武汉大学,2004.
[6]孙贵臣.基于GIS的地震灾害人口伤亡评估系统设计与开发研究[D].华中科技大学,水利水电工程,2013,硕士.
[7]韩琦.我国商业银行海外并购绩效研究[D].沈阳理工大学,国际贸易学,2012,硕士.
[8]彭立才.插入式基础抗拔试验研究[D].河海大学,岩土工程,2004,硕士.
[9]饶腾子.影响IVF结局的临床因素分析及IVF成功抱婴预测模型初步探讨[D].南方医科大学,妇产科学,2012,硕士.
[10]吕妍.明清安徽女性别集目录[D].淮北师范大学,中国古典文献学,2014,硕士.
[11]季景方.混合动力汽车动力分配器动态特性分析[D].吉林大学,机械设计及理论,2013,硕士.
[12]傅若农.近几年国内外气相色谱固定相的进展[J].分析试验室,2013,05:111-124.
[13]王亚琼,郭芹,刘咏,韦伟峰.溶液燃烧法制备Mn_3O_4/碳纸三维纳米多孔复合电极及其在超级电容器中的应用[J].粉末冶金材料科学与工程,2015,02:312-318.
[14]崔展.Vaspin与冠心病的相关性研究[D].苏州大学,内科学,2013,硕士.
[15]戚伟岸.多轴联动数控磨齿机主轴转速跟踪误差分析与实时补偿研究[D].南京理工大学,机械制造及其自动化,2013,硕士.
[16]程龙.碎石与CFG两桩型复合地基的综合应用研究[D].吉林大学,地质工程,2014,硕士.
[17]朱建全,刘锋,何光宇,梅生伟.基于主导性评估的电网支路参数估计[J].电力系统自动化,2011,18:36-40.
[18]华建锋.锚杆用低碳硅锰TRIP钢热处理工艺对组织及性能的影响[D].中国矿业大学,材料加工工程,2014,硕士.
[19]边平政.基于指纹识别的身份认证系统终端的研究与设计[D].内蒙古大学,信号与信息处理,2014,硕士.
[20]林奇兆.唯物史观视域中的三十年来中国农村改革[D].华侨大学,马克思主义哲学,2014,硕士.
[21]徐丽,于书霞,何念鹏,温学发,石培礼,张扬建,代景忠,王若梦.青藏高原高寒草地土壤碳矿化及其温度敏感性[J].植物生态学报,2013,11:988-997.
[22]王晓宇.高校一年级学生阿拉伯语词汇学习策略实证研究[D].北京外国语大学,阿拉伯语语言文学,2013,硕士.
[23]张应洲.氧和水蒸气对等离子体氧化耦合碱液吸收脱硝影响的实验研究[D].武汉纺织大学,环境工程,2014,硕士.
[24]姜兆敏.有关风暴潮近似解的研究[D].河海大学,应用数学,2004,硕士.
[25]辜晓锋.基于本体的汽车维修服务知识管理系统研发[D].西南交通大学,计算机应用技术,2014,硕士.
[26]王茜.物权变动中第三人利益的区分保护研究[D].厦门大学,法律,2014,硕士.
[27]徐小玲.毛乌素沙地的环境脆弱度评价及人为影响研究[D].陕西师范大学,自然地理学,2004,硕士.
[28]陈祖建.投入产出量化分配设想——试论工务成本管理的改革[J].中国铁路.1994(03)
[29]江曙霞,马理.民间信用的演化模拟、失序控制与渐进式变革[J].财经理论与实践,2004,04:26-31.
[30]吴建军.聚氨酯/漂珠复合泡沫材料的制备及表征[D].兰州大学,化学工程（专业学位）,2013,硕士.
[31]赵金,王离九.直流PWM调速系统的一种新型速度调节器[J].控制与决策,1994,01:70-73+63.
[32]黄欢.企业竞争力、市场导向与企业绩效关系实证研究[D].东北大学,企业管理,2010,硕士.
[33]周晓燕.不同灌溉方式对冬小麦籽粒产量和品质形成及水分利用效率的调控效应[D].山东农业大学,作物栽培学与耕作学,2014,博士.
[34]孙倩茹.文化图式视角下的汉英口译研究[D].苏州大学,翻译（专业学位）,2013,硕士.
[35]吕颖,张伯明.基于集群计算机的保护定值在线校核[J].电力系统自动化,2007,14:12-16+106.
[36]张崇建.《竹屋痴语》研究[D].河北师范大学,中国古代文学,2012,硕士.
[37]张晓娟.我国经济发展环境承载力研究[D].兰州商学院,统计学,2013,硕士.
[38]吴艳.兴泰物业公司员工激励机制研究[D].天津大学,高级工商管理,2013,硕士.
[39]嵇建功.事项会计理论的事项概念与会计信息演进研究[J].会计研究,2013,02:33-37+94.
[40]惠康.XDPS公司项目管理流程优化设计研究[D].西北大学,工商管理（专业学位）,2014,硕士.
[41]李妍峰,李军,高自友.大规模邻域搜索算法求解时变车辆调度问题[J].管理科学学报,2012,01:22-32.
[42]武桂荣,陈俊,程金星,施善威.三维叠前深度偏移技术在江苏CB地区的应用效果[J].石油地球物理勘探,2008,02:146-152+122-123+246.
[43]王光伟,韩蕾,郭丽娜,初楠.太阳能直接热利用主要方式及应用综述[J].能源与环境,2014,04:23-24+27.
[44]袁伟东.转动导杆—齿轮驱动式叶片差速泵设计及试验研究[D].浙江理工大学,机械设计及理论,2014,硕士.
[45]刘洪高.基于CAN总线的晶闸管投切滤波器控制系统的设计[D].杭州电子科技大学,电路与系统,2011,硕士.
[46]刘松.结构参数变化对六塔斜拉桥地震响应的影响分析[D].西南交通大学,桥梁与隧道工程,2013,硕士.
[47]于文.教研员在促进英语教师专业成长中的策略研究[D].山东师范大学,教育（专业学位）,2013,硕士.
[48]肖洁.梨园屯教案研究[D].河北师范大学,中国近现代史,2013,硕士.
[49]闫鹏博.经食管实时三维超声心动图在经胸微创继发孔型房间隔缺损封堵术中的应用[D].山东大学,影像医学与核医学（专业学位）,2013,硕士.
[50]柳英.我国捕后羁押必要性审查机制研究[D].华侨大学,法律,2013,硕士.