MicroRNA预测分类及其特性研究

【摘要】MicroRNA(miRNA)是一种非编码RNA,长度约为22个核苷酸,研究证实miRNA在基因表达中其重要的调控作用。对miRNA进行研究有助于人们了解基因功能,疾病关系以及生物进化规律。近年来,miRNA研究已经成为生物信息学领域重要课题之一,本文研究了miRNA有关了几个热点问题：miRNA预测及其家族预测分类,主要完成的工作为：(1)本文介绍了miRNA相关知识和当前挖掘方法。生物信息学中miRNA的研究大都利用了其生物特性,例如,miRNA序列的保守性,pre-miRNA的发夹结构等在miRNA挖掘及其靶基因挖掘算法中都被作为重要的信息特征；miRNA的成簇分布现象在家族研究中给予研究者以参考。因此本文分析了miRNA的主要生物特性,然后进一步研究了不同物种的特性差异,以供生物信息研究人员参考。利用miRNA生物特性进行挖掘预测是当前的热点问题之一,我们对比分析了当前主要的miRNA从头预测挖掘算法,供研究者根据需要选择合适算法。(2)提出了一种分层的miRNA家族预测方法-miRClassify,由于miRNA家族成员分布的不平衡性,多成员大家族和少成员小家族数量差距很大,利用这种分布的特点,本文提出了一种分层级联的分类方法,以有效准确的预测miRNA所属家族。miRClassify在机器学习过程中的特征提取,特征选择,分类算法等多个角度对比分析,证实了miRClassify所采用的每一步方法的优越性。此外,本文提供了基于该方法的在线使用网站和软件,以便与研究使用。(3)提出处理不平衡数据分布的分类方法-imDC,生物信息学中的数据普遍存在样本不平衡现象,这在其他领域也是比较常见的。为了提高少数类的识别精度,重视少数类的影响,本文提出算法imDC。imDC利用集成学习思想,将少数类样本和多数类样本以权重,组合的方式重组集成,消除不平衡性,并且使用不同的分类器训练,将多个弱分类器集成组合成为一个强分类器。本文使用几组UCI数据和一组miRNA数据对比其他算法来证明方法的优越性。
【作者】胡玲玲；
【导师】王其聪；
【作者基本信息】厦门大学，计算机应用技术，2014，硕士
【关键词】miRNA预测；miRNA家族分类；不平衡分类；

【参考文献】
[1]梁丽.基于系统功能语法的英语新闻语篇中名词化的研究[D].山西师范大学,外国语言学及应用语言学,2014,硕士.
[2]邱晓霞,李振华,甘春龙.人体体质研究综述[J].内江科技,2014,07:96-97.
[3]方敏.论孙惠柱与中国的社会表演学[D].广西师范大学,中国现当代文学,2013,硕士.
[4]王家辉.大鼠骨髓间充质干细胞分泌因子对Ⅳ型变态反应的影响[D].青岛大学,皮肤病与性病学,2013,硕士.
[5]管聪聪.火灾（高温）下钢框架热力耦合分析及安全评价方法研究[D].安徽建筑大学,结构工程,2013,硕士.
[6]隋金君.湿式旋流除尘器的研究及应用[D].重庆大学,环境工程,2003,硕士.
[7]肖玲.歌剧《唐璜》的人物塑造与启示[D].中国艺术研究院,音乐学,2013,硕士.
[8]田丰贺.小麦糊粉层的剥离及利用研究[D].河南科技学院,农产品加工及贮藏工程,2012,硕士.
[9]伊志强.移动城域网宽带接入技术应用场景研究[D].南京邮电大学,电子与通信工程（专业学位）,2012,硕士.
[10]邹志红.某有机硅聚硅氧烷生产企业职业病危害调查和评价[D].苏州大学,公共卫生（专业学位）,2013,硕士.
[11]刘鹏飞.太钢国贸公司ERP优化项目实施研究[D].天津大学,项目管理,2013,硕士.
[12]王凌.对资产减值准备会计选择的三种理论假设的检验——以上市公司为例[D].浙江大学,会计学,2003,硕士.
[13]杨文凯.序列图像中运动目标的检测[D].西北工业大学,模式识别与智能控制,2004,硕士.
[14]王媛媛.计算机专业大学生胜任特征模型构建与现状调查[D].辽宁师范大学,应用心理学,2011,硕士.
[15]王晓丹.CdTe量子点与抗氧化药物和蛋白质、多肽相互作用的光谱研究[D].西南大学,物理化学,2013,硕士.
[16]张小明.复杂自由曲面形状特征分析与智能化加工策略研究[D].华南理工大学,机械制造及其自动化,2014,硕士.
[17]时正武.辽宁朝阳地区铁尾矿砂路面典型结构的研究[D].大连理工大学,道路与铁道工程,2013,硕士.
[18]粟榆.大规模侵权责任保险赔偿制度研究[D].西南财经大学,人口学,2014,博士.
[19]任中秀.德国团体法中的成员权研究[D].山东大学,民商法学,2014,博士.
[20]刘成斋.黄河入海口地区的地震数据采集方法[J].石油地球物理勘探,2004,01:97-101+126-132.
[21]韦昌旭.调流措施对华南受损河流的生态修复作用研究[D].东北师范大学,生态学,2012,硕士.
[22]朱莺.美国公立研究型大学的财政变迁及其影响[D].华东师范大学,教育学原理,2013,硕士.
[23]朱亮.10kV配电网小电阻接地系统单相短路故障及其保护研究[D].湖南大学,电气工程,2011,硕士.
[24]李淑芬.光场的熵压缩性质及量子非局域性[D].福建师范大学,理论物理,2004,硕士.
[25]陈树群.铸造镁合金阻尼性能研究[D].华中科技大学,材料加工工程,2013,硕士.
[26]李雪峰.全息模型下的粲味重子和标量胶球[D].上海大学,理论物理,2013,硕士.
[27]翟朋达.可见光响应催化剂制备及其催化活性研究[D].河北科技大学,化学工程与技术,2013,硕士.
[28]马倩倩.山东半岛九天洞洞穴滴水微量元素季节变化及其气候环境意义研究[D].鲁东大学,自然地理学,2014,硕士.
[29]苏政伟.UHF RFID阅读器数字基带的设计[D].杭州电子科技大学,电路与系统,2013,硕士.
[30]景兴建,王越超,谈大龙.理性遗传算法及其在多机器人运动协调中的应用[J].自动化学报,2002,06:955-961.
[31]宋昆.IDD集团ERP项目实施成功因素探析[D].电子科技大学,2004.
[32]白梨花.放牧对羊草草甸草原菌根共生及菌根效应的影响[D].内蒙古农业大学,植物营养学,2013,硕士.
[33]孙璐.高管薪酬差距对企业绩效影响效应的实证研究[D].合肥工业大学,会计学,2013,硕士.
[34]万丽芳.中国英语专业大学生二语写作中的词汇丰富性研究[J].外语界,2010,01:40-46.
[35]侯珂.计算机辅助景观雕塑设计的应用研究[D].郑州大学,美术学,2013,硕士.
[36]刘万鹏.基于COSO框架西安中萃饮料公司内部控制制度设计[D].西北大学,工商管理（专业学位）,2014,硕士.
[37]吴晓红.试析元代官吏赃罪立法及惩治官吏赃罪的实践[D].内蒙古大学,法律,2013,硕士.
[38]孙立刚.抚顺万新大桥设计计算与锚固跨分析研究[D].大连理工大学,桥梁与隧道工程,2004,硕士.
[39]邓哲.硅纳米晶体的氧化及发光性能研究[D].浙江大学,材料科学与工程,2013,硕士.
[40]文霭欣.探析冲任理论的发展与生理内涵及其在先兆流产的应用[D].广州中医药大学,中医基础理论,2013,硕士.
[41]刘群.5-氨基水杨酸结肠定位缓释微丸的研究[D].天津医科大学,药物分析学,2008,硕士.
[42]修蕾.中职学校学生社团建设的现状及对策[D].鲁东大学,教育管理（专业学位）,2013,硕士.
[43]王越.稀土掺杂硼酸钇二维纳米材料的制备及其下转换发光性能的研究[D].西北大学,2014.
[44]邢佶慧,史一剑,刘文涛,杨庆山.建筑钢材GTN损伤模型参数识别[J].建筑结构学报,2014,04:149-154.
[45]秦捷.邻近肾脏原发性腹膜后肿瘤的临床分析[D].首都医科大学,外科学,2014,硕士.
[46]杨心诚.湿球黑球温度对高温环境的适用性及安全热暴露时长的研究[D].重庆大学,供热、供燃气、通风及空调工程,2014,硕士.
[47]代真佑.SPEEK/Na-X沸石复合质子交换膜的制备及性能研究[D].哈尔滨工业大学,材料加工工程,2013,硕士.
[48]丁春.轧辊表面激光合金化材料制备与性能分析[D].苏州大学,机械工程（专业学位）,2014,硕士.
[49]陈睿.三种硝苯地平口服制剂一致性评价[D].山东大学,药理学,2013,硕士.
[50]高英.复合混凝法处理高炉煤气冷凝水及设备腐蚀影响的研究[D].内蒙古科技大学,环境工程,2013,硕士.