舟山岛的中国小鲵线粒体基因组与小鲵科的系统发育

【摘要】小鲵科是亚洲特有的陆生且最低等的两柄动物类群，为有尾目中种类较丰富的类群，总计10属59余种。中国小鲵Hynobiuschinensis由Günther（1889）根据湖北宜昌的模式标本订立，目前中国小鲵广泛的分布于中国中东部。至今为止，还没有舟山岛的中国小鲵线粒体基因组的研究报道，而在小鲵科的系统发育研究中，也没有对舟山的中国小鲵进行采样分析。另外，舟山的中国小鲵是何时以及通过何种方式来到岛上也没有定论。同时由于小鲵科物种体型较小，形态上存在不同程度的变异，给传统的形态分类带来了难题，致使小鲵科的命名及分类系统较为混乱，同种异名现象时有发生。相比于核基因，线粒体基因由于特有的遗传及进化特点，广泛地应用于现代分子系统学研究。本研究拟采用PCR方法扩增得到舟山的中国小鲵线粒体基因组全序列，并且结合GenBank中已发表的小鲵科物种的基因组以及Cytb基因序列，分别采用ME，ML，MP，NJ以及贝叶斯方法构建系统发育树，探讨小鲵科的系统发育及演化关系，并结合化石记录进行贝叶斯松散分子钟的分歧时间估算，旨在为了解小鲵科的进化历程提供新的分子证据。本文主要研究结果如下：1.中国小鲵的线粒体基因组全长为16495bp，其基因紧密排列，基因排布顺序以及密码子使用策略与大多数脊椎动物相同；除分布在重链上的大多数基因，仅ND6和8个tRNA基因在轻链上进行转录；碱基含量分别为T，32.6%；C，20.3%；A，33.5%；G，13.7%，AT含量高于GC含量的特点与大多数脊椎动物类似。轻链起始复制区（OriL）位于tRNAAsn和tRNACys之间，可形成稳定的茎环结构；识别到控制区内的终止序列区（TAS）的核心序列。2.基于线粒体基因组的小鲵科系统发育关系表明，小鲵科为单系起源，爪鲵属位于系统发育树的基部，是该科中最原始的一个属。山溪鲵属，巴鲵属，拟小鲵属和原鲵属聚为一个大支；北鲵属和副趾鲵属在所有的重建方法中均被聚为一支；肥鲵属是除爪鲵属、副趾鲵属和北鲵属之外的其他属的姐妹群。舟山岛的中国小鲵和义乌小鲵聚为一支，亲缘关系最近。不同的系统树重建方法均产生稳健且基本一致的拓扑树形，认为其结果具有较高的可信度。3.基于Cytb基因的小鲵科系统发育关系显示爪鲵属位于系统发育树的基部，副趾鲵属和北鲵属聚为一支，再与肥鲵属聚为一大支；巴鲵属和山溪鲵属聚为一支，是最近的姐妹群；肥鲵属是巴鲵属和山溪鲵属的姐妹群；拟小鲵属单独形成一支。极北鲵属同小鲵属聚为一支；舟山岛的中国小鲵和义乌小鲵亲缘关系最近，而祁阳的中国小鲵和挂榜山小鲵共同聚为一支。分析表明基于Cytb构建的系统树在属这一阶元的亲缘关系的分析结果不是十分理想，Cytb基因更适合用于种间系统发生的讨论。4.基于线粒体基因组的13个蛋白质编码序列的分子钟估算结果表明，小鲵科物种的共同祖先出现在早白垩纪，属间的分化发生在晚白垩纪至第三纪。
【作者】汤达；
【导师】王日昕；徐田军；
【作者基本信息】浙江海洋学院，海洋生物学，2014，硕士
【关键词】中国小鲵；线粒体基因组；系统发育关系；分子钟；

【参考文献】
[1]覃盈盈.综合和分类相结合的个人所得税制模式选择[D].南京财经大学,财政学,2012,硕士.
[2]贾华.新型多功能LCD显示系统的设计与实现[D].天津大学,信号与信息处理,2004,硕士.
[3]李金山.北京佳禾昊业贸易有限公司营销策略研究[D].西北大学,工商管理（专业学位）,2012,硕士.
[4]李长钦.有机农业三种组织形式的比较研究[D].南京农业大学,环境科学,2012,硕士.
[5]张春辉.D公司销售渠道冲突管理研究[D].西南交通大学,工商管理（专业学位）,2013,硕士.
[6]杨枫.微波快速合成石墨烯/纳米银及电化学传感应用[D].江南大学,2014.
[7]韩文娟.科尔沁沙地飞播白沙蒿生理生态适应性研究[D].内蒙古师范大学,植物学,2012,硕士.
[8]张兴,邵章平,王付胜,刘萍.非隔离型三相三电平光伏逆变器的共模电流抑制[J].中国电机工程学报,2013,03:29-36+18.
[9]余洁.大型虚拟MIMO系统的性能分析[D].厦门大学,通信与信息系统,2014,硕士.
[10]马歆墨.传承与颠覆—《了不起的盖茨比》与《地之国》的互文性研究[D].北京交通大学,2014.
[11]陈红旭.DNA修复基因（XRCC1、OGG1）单核苷酸多态性与胰腺癌易感性的关联性研究[D].第三军医大学,外科学,2014,博士.
[12]王诗尧.从女性主义视角探析《佩德罗·巴拉莫》中的女性形象[D].上海外国语大学,西班牙语语言文学,2013,硕士.
[13]王兰.产品寿命分布的贝叶斯估计问题研究[D].中国矿业大学,概率论与数理统计,2014,硕士.
[14]夏洁.中空纤维膜萃取分离Ce~(3+)/Pr~(3+)的研究[D].北京化工大学,化学工程与技术,2013,硕士.
[15]王鹏远.不同药剂对根肿菌休眠孢子毒力效果测定及防病应用研究[D].华中农业大学,植物病理学,2014,硕士.
[16]殷凤龙.基于加速寿命试验的滚动轴承寿命预测研究[D].国防科学技术大学,机械工程,2012,硕士.
[17]孙敏敏.Backprojection成像多核并行计算系统设计[D].南京大学,微电子学与固体电子学,2013,硕士.
[18]邢哲.灰色系统理论在桩基超声波检测中的研究与应用[D].安徽建筑工业学院,结构工程,2012,硕士.
[19]任海涛.胎儿皮肤免疫细胞表面标志和神经肽P物质的表达及意义[D].重庆医科大学,外科学,2004,硕士.
[20]郭威.X-Y_2O_3复合烧结助剂对无压烧结ALON透明陶瓷结构的影响[D].大连海事大学,交通运输工程,2014,硕士.
[21]李岩,谢战良.数字矿山建设中多源异构地测数据整合初探[J].能源技术与管理,2005,04:72-73.
[22]张金屯.植物种群空间分布的点格局分析[J].植物生态学报,1998,04:57-62.
[23]周晓云.采用Cache技术优化远程教学系统的探讨[J].徐州建筑职业技术学院学报,2002,02:28-30.
[24]周楠.上海机场出入境边防检查站服务体系建设研究[D].华东理工大学,工商管理（专业学位）,2013,硕士.
[25]张小磊.酒精性股骨头坏死的发病特点、中医证候特点及血脂代谢相关性分析[D].北京中医药大学,中医骨伤科学,2014,硕士.
[26]崔伟正.面向分类决策的不完备信息处理方法研究[D].国防科学技术大学,电子与通信工程,2013,硕士.
[27]王树宪.经纤维支气管镜针吸活检在肺结节病Ⅰ期Ⅱ期中的诊断价值[D].山东大学,内科学（专业学位）,2012,硕士.
[28]李华.基于虚拟样机的袋式除尘器喷吹性能仿真测试及优化[D].河北工业大学,仪器科学与技术,2013,硕士.
[29]柏胜.数字图书馆信息资源的组织与开发[J].情报杂志,2002,12:35-37.
[30]许蕾.论跟单信用证交易中银行审单的法律责任[D].北京外国语大学,国际法,2014,硕士.
[31]张琪瑛.氢化和氟化石墨烯材料的第一性原理研究[D].烟台大学,2012.
[32]李长海.曲面式集油器内部流道结构的优化研究[D].大连海事大学,船舶与海洋工程,2013,硕士.
[33]邓江.异形截面管弯曲与内高压复合成形工艺有限元模拟[D].华中科技大学,材料加工工程,2013,硕士.
[34]杨欣斌,孙京诰,陈霁威,黄道.一种高效并行关联规则挖掘新算法[J].华东理工大学学报,2003,03:295-298.
[35]詹箴箴.泉州市融资担保公司主营业务的风险防控机制研究[D].华侨大学,工商管理（专业学位）,2013,硕士.
[36]王芳.副溶血性弧菌分离株毒力相关基因分布特征及脉冲场凝胶电泳分型[D].扬州大学,水生生物学,2011,硕士.
[37]贺捷.无线传感器网络中汇聚节点的设计与实现[D].西安电子科技大学,软件工程,2012,硕士.
[38]范毅.井下设备设施GIS管理系统设计与实现[D].西安科技大学,地图学与地理信息系统,2013,硕士.
[39]朱旭凯,刘文颖,杨以涵,汪隆臻.电网连锁故障演化机理与博弈预防[J].电力系统自动化,2008,05:29-33.
[40]姜延彤.农安县电子商务发展战略研究[D].吉林大学,高级管理人员工商管理（EMBA）（专业学位）,2014,硕士.
[41]陆强.中国股票市场对国民经济增长作用机制研究[D].湖南大学,政治经济学,2003,硕士.
[42]刘英.ATP合成酶分子马达的储能模型研究[D].西南交通大学,机械设计及理论,2013,硕士.
[43]■方丽朱赛鸿■FangLiZhuSaihong.光伏表皮材料与高层住宅立面一体化设计研究[J].城市建筑.
[44]付君.重组灵芝免疫调节蛋白对老年性痴呆模型大鼠的作用及其机制研究[D].吉林大学,生物化学与分子生物学,2014,硕士.
[45]张阳.拉伸和压延分别对聚醚醚酮和等规聚丙烯结构的影响[D].郑州大学,材料加工工程,2013,硕士.
[46]周波.初中生人格特质与学业拖延的相关研究[D].内蒙古师范大学,教育（专业学位）,2013,硕士.
[47]张牛牛.车载通信总线时域分析方法研究[D].西安电子科技大学,机械电子工程,2012,硕士.
[48]宁婧.室上性心动过速射频消融术对凝血功能影响的研究[D].济南大学,内科学,2012,硕士.
[49]郝中甲.基于热裂法的微波切割玻璃关键技术研究[D].哈尔滨工业大学,机械工程,2014,硕士.
[50]高诚.电解铝生产低碳排放计量模型研究[D].北方工业大学,会计学,2013,硕士.