髭鲷属鱼类分类地位研究以及鲈形目分化时间估算

【摘要】髭鲷属(Hapalogenys)鱼类隶属于鲈形目，鲈亚目，石鲈科，是世界性温热带近海鱼类。髭鲷属具有明显的地域分布特征，已经成为研究鱼类系统发生关系、起源与进化的良好材料，而到目前为止髭鲷属鱼类在鲈亚目中的分类地位仍然没有明确。因此，本研究测定4种鲈形目鱼类线粒体全序列，并分析其基因组编码区和非编码区序列特征，同时我们基于62条线粒体基因组全序列应用最大似然法和贝叶斯法来讨论髭鲷属在鲈亚目的分类地位问题，并结合松散分子钟推算鲈形目鱼类的起源时间，期望为鲈形目鱼类起源分化积累理论材料。主要研究结果如下：(1)本文测定4种鲈形目代表鱼类(横带髭鲷，六带线纹鱼，花瓣鯧和矛尾虾虎鱼)线粒体基因组全序列，并对其线粒体基因组进行结构分析。结果发现其线粒体基因组中碱基组成及基因排序与大多数的硬骨鱼一致，较为保守，但在横带髭鲷线粒体基因组中缺少tRNA-Pro基因。4种鱼类线粒体基因组长度差异较大，主要是由于控制区长度变化所引起的。轻链复制起始区(OL)均能形成稳定的茎环二级结构，其臂结构存在三种保守序列：5’-GCCGG-3’，5’-TCCGG-3’以及5’-GCGGG-3。多数物种识别了终止结合序列区，同时发现中央保守区和保守序列区变异较大，且在所研究的鲈形目鱼类线粒体基因组中还发现不同程度的缺失。(2)本研究基于62个线粒体基因组全序列通过最大似然法和贝叶斯法构建髭鲷属分子系统发育树。结果显示髭鲷属(Hapalogenys)单独从石鲈科(Haemulidae)分离出来，与龙占鱼科(Lethrinidae)，鲷科(Sparidae)聚在一起，未能与其他属一起构成石鲈科(Haemulidae)，此外石鲈科(Haemulidae)却与银鳞鯧科(Monodactylidae)构成了姐妹群。这一结果支持髭鲷属(Hapalogenys)应从石鲈科(Haemulidae)分离出来，并且髭鲷属更名为髭鲷科。(3)采用松散分子钟约束分析方法估算出鲈形目鱼类的分化时间是在侏罗纪时期，距今160百万年前，这一结果要比化石记录结果古老很多。另外鲈形目若干科类群的辐射进化时间发生在白垩纪和第三纪之间，这一时期内的气候变化对鲈形目若干科鱼类进化有一定影响。
【作者】魏涛；
【导师】石戈；徐田军；
【作者基本信息】浙江海洋学院，海洋生物学，2014，硕士
【关键词】髭鲷属；线粒体全基因组；分子系统学；鲈形目；起源时间；

【参考文献】
[1]吴凡.一种混联平面三自由度混合驱动机构的研究[D].中北大学,机械设计及理论,2013,硕士.
[2]于蓉.干燥剂转轮除湿性能研究[D].天津商业大学,制冷及低温工程,2013,硕士.
[3]李向义,张希明,何兴元,曾凡江,THOMASF.M.,FOETZKIA..绿洲前沿地区多枝柽柳水分关系的特征及灌溉的影响[J].植物生态学报,2004,05:644-650.
[4]段元文,何亚平,张挺锋,刘建全.高山植物扁蕾的延迟自交机制[J].植物生态学报,2007,01:110-117.
[5]刘益君.国内外光伏产业政策比较研究[J].生产力研究,2010,12:221-223.
[6]杨洋.合金固液界面动力学与纳米体系结构和稳定性的分子动力学研究[D].华东师范大学,2010.
[7]彭丽亚,罗大鹏,刘海洪,刘苗青,舒立金,章连众.邻苯胺基取代的1,1,4,4-四氰基丁二烯的合成、表征与性质研究[J].杭州师范大学学报(自然科学版),2014,03:291-297.
[8]汤家兴.网络视频监控系统存储子系统软件设计[D].浙江大学,电子信息技术及仪器,2013,硕士.
[9]王文俊.基于FRFT的Chirp水声扩频通信技术研究[D].厦门大学,通信与信息系统,2014,硕士.
[10]于欢.液滴撞击球面液膜的动力学特征分析[D].大连理工大学,热能工程,2013,硕士.
[11]韩昆仑.基于瞬时功率理论的电网无功功率补偿的研究[D].广西大学,农业电气化自动化,2004,硕士.
[12]彭织云.基于微生物分子生态学技术构建水产品中微生物预测模型[D].上海海洋大学,食品科学与工程,2013,硕士.
[13]谷远朋.上海软土地区基坑工程方案优选与分块施工方法的探讨[D].石家庄经济学院,地质工程,2013,硕士.
[14]黄颖娟.一维单分散性纳米金的制备及在传感器中应用研究[D].江南大学,2014.
[15]曾凡明.Z公司培训问题研究[D].北京交通大学,2014.
[16]张尚正.投放式总磷自动测定仪的研制[D].河北科技大学,2014.
[17]黄晶晶.新型农村合作医疗问题研究[D].云南财经大学,社会保障,2013,硕士.
[18]钱大群,吕勇哉.动态系统的模糊时序知识表达、推理及其应用[J].自动化学报,1991,05:559-565+638.
[19]孙玉宝,费选,韦志辉,肖亮.基于前向后向算子分裂的稀疏性正则化图像超分辨率算法[J].自动化学报,2010,09:1232-1238.
[20]管芳.基于偏序结构图对中医药治疗失眠文献的文本挖掘[D].燕山大学,生物医学工程,2014,硕士.
[21]田建东.托普台区块易漏失地层特征分析及随钻堵漏剂优选[D].中国地质大学（北京）,钻井工程,2014,硕士.
[22]沈晨鸣.决策树分类算法研究[J].盐城工学院学报(自然科学版),2005,04:22-24.
[23]秦超,余贻鑫.基于安全域的含风电电力系统概率小扰动稳定分析[J].电力系统自动化,2014,10:43-48.
[24]刘净.游戏化教学在小学数学课堂教学中的应用[D].河北师范大学,现代教育技术,2014,硕士.
[25]谢涛.贵州威宁凉山铅锌矿综合物探找矿研究[D].成都理工大学,地球探测与信息技术,2013,硕士.
[26]沈洁.梁同书书法艺术的研究[D].南京航空航天大学,美术学,2013,硕士.
[27]范习辉,张焰.序列模式挖掘在电力系统警报信息处理中的应用[J].电力系统自动化,2005,13:49-52.
[28]黄兆峰.田旋花对草甘膦耐药性分子机制[D].中国农业科学院,杂草科学,2014,博士.
[29]武洋.改进的RBAC约束模型及其XACML实现[D].首都经济贸易大学,产业经济学,2014,硕士.
[30]常东亮.现代性批判视域下的城市文化活力问题研究[D].华中科技大学,国外马克思主义研究,2013,硕士.
[31]宋江慧.膜闪蒸过程CO_2解吸性能及复合吸收剂的研究[D].北京化工大学,化学工程与技术,2013,硕士.
[32]张浩宇,张殿华,蔡清水,孙杰,彭文.冷连轧厚度自动控制的速度修正策略[J].冶金自动化,2014,01:40-44.
[33]林青青.背包游客的旅游动机、旅游涉入和满意度的影响关系研究[D].浙江大学,旅游管理,2013,硕士.
[34]陈新.中国石油集团公司IT管理研究[D].北京交通大学,工商管理（专业学位）,2013,硕士.
[35]刘兵,李嫄,许刚.开发区人才聚集与区域经济发展协同机制研究[J].中国软科学,2010,12:89-96.
[36]孙易洪.民法典中人格权法独立成编问题研究[D].湖南师范大学,民商法学,2013,硕士.
[37]魏翰文.经皮冠状动脉介入治疗相关性心肌梗死的危险因素分析[D].兰州大学,内科学,2013,硕士.
[38]陈龙.基于共生理论的船舶产业集群协同技术创新模式研究[D].江苏科技大学,管理科学与工程,2014,硕士.
[39]赵士亮.粗糙集理论中若干问题的研究及应用[D].福州大学,2003.
[40]王文莲.试析会计信息潜在价值[J].会计之友,2005,02:15-16.
[41]张华.二轮平衡车系统的算法研究[D].华中师范大学,电子与通信工程,2014,硕士.
[42]蔺蘭,赵戈,唐延东,田建东,何思远.基于几何模型的单幅人脸图像光照补偿方法(英文)[J].自动化学报,2013,12:2090-2099.
[43]朱瑞静.通光散肿瘤化疗增效有效部位的化学成分与质量控制方法研究[D].广州中医药大学,中药学,2013,硕士.
[44]丁瑞琪.多器官功能不全伴急性肾损伤患者行血液净化治疗的预后分析[D].山东大学,临床医学（专业学位）,2013,硕士.
[45]姜晶.FXR拮抗剂的药理学活性研究和NSAIDs诱导肝损伤的机制探讨[D].华东理工大学,药学,2013,硕士.
[46]赖秀红.石城县白莲产业发展研究[D].江西农业大学,农村与区域发展,2012,硕士.
[47]宣勇.巴彦淖尔市商贸流通业发展现状及对策研究[D].内蒙古大学,高级管理人员工商管理,2013,硕士.
[48]贾慧星,章毓晋.基于梯度方向直方图特征的多核跟踪[J].自动化学报,2009,10:1283-1289.
[49]梁翠.长江口陆源输入变化及河口生态环境响应的初步研究[D].中国科学院研究生院（海洋研究所）,海洋生态学,2013,硕士.
[50]李政均.中国加入WTO对韩中经贸合作的影响和对策[D].对外经济贸易大学,国际贸易,2004,硕士.