利用SNP标记构建油菜品种指纹图谱及定位下卷叶性状基因的研究

【摘要】单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单个碱基的突变所引起的一种DNA序列多态性,是目前最精确的检测物种间多态性的分子标记技术。在构建遗传图谱、分子标记辅助育种等方面均有广泛的应用。本研究利用新兴的油菜SNP标记构建了油菜指纹图谱,并且定位了下卷叶基因,主要研究结果如下：1.指纹图谱构建：利用SNP标记及SSR标记,获得了总计57份油菜材料的指纹图谱。(1)利用SSR标记构建指纹图谱：利用40对核心SSR标记构建的22个品种(系)指纹图谱各不相同。基于SSR标记带型的遗传相似性系数结果表明,Tapidor和镇油7号之间的遗传相似性系数最小,为0.52,镇油6号与7号之间的遗传相似性系数最大,为0.87；南农油系列的3个品种之间的遗传相似性系数在0.70-0.77,镇油系列的4个品种之间的相似性系数在0.64-0.87,史力佳和史力丰之间的相似性系数为0.76。这些遗传系数信息为育种亲本选配提供了一定的有益信息。(2)利用SNP标记构建指纹图谱：利用52157个SNP标记构建了44个品种(系)的指纹图谱。SNP标记得到的遗传相似性系数结果表明,镇油5号与中双11号两个品种之间的相似性系数为0.56,是所有系数中最小的。东油1号和镇油6号与镇油7号和东油1号之间的相似性系数同为0.78,是所有系数中最大的；镇油系列四个品种与中双11号之间的相似性系数在0.56-0.59,南农油2号和南农油3号与中双11号的相似性系数都为0.61,史力佳与秦优九号的相似性系数为0.62,由此可知,当品种来自不同地域时,品种间遗传相似系数较小,说明不同的地域环境对品种间遗传关系的远近有一定的影响。(3)两种标记的指纹图谱比较：用SSR和SNP标记所得9个品种油菜指纹图谱,计算遗传相似性系数,并且计算两种相似系数间的相关系数,为0.3269(p=0.0517),说明二者之间一致性比较好；同时,9个品种用两种标记的聚类结果差别不大。SNP标记为52157个,SSR标记的引物为40对,因而SNP标记计算的遗传相似系数更精确,结果更可靠。2.下卷叶性状的基因定位：利用本实验室突变体库内的卷叶突变体M423,构建了一个F2代分离群体。得到266株下卷叶个体,78株正常叶片个体,经过卡方测验,符合3：1的孟德尔遗传比例,推测下卷突变为显性单基因控制。利用CTAB法随机提取了80个单株的DNA样品,得到了SNP标记数据。52157个SNP标记数据中,多态性标记10013个。采用关联分析方法,扫描分析后,找到与突变性状连锁的16个SNP标记。此结果为进一步精细定位下卷叶相关基因提供了基础。
【作者】张昆鹏；
【导师】管荣展；
【作者基本信息】南京农业大学，作物遗传育种，2013，硕士
【关键词】SNP；SSR；指纹图谱；下卷叶；基因定位；甘蓝型油菜；

【参考文献】
[1]覃涛.基于CAN的电动汽车控制网络研究与设计[D].武汉理工大学,无线电物理,2013,硕士.
[2]谢洪明,罗惠玲,王成,李新春.学习、创新与核心能力:机制和路径[J].经济研究,2007,02:59-70.
[3]申立强.拟南芥AtMAP4Kα2与AtMO25的克隆、表达、纯化及初步晶体学研究[D].西南大学,植物学,2014,硕士.
[4]林鑫.城市规划管理的虚拟现实系统设计与实现[D].华中科技大学,软件工程,2013,硕士.
[5]付革红,李淑丽,代红红.自组织模糊控制器在S5－115U上的开发[J].冶金自动化,1996,04:34-36.
[6]汪文明.产业集群竞争优势形成机理与湖南的发展战略[D].湖南大学,政治经济学,2003,硕士.
[7]马磊.费米子与玻色子相互作用对电子态的影响[D].南京大学,2012.
[8]陈宏友,徐国华.江苏滩涂围垦开发对环境的影响问题[J].水利规划与设计.2004(01)
[9]梁洁.突发公共事件中大众传媒的道德责任和报道范式的转变[D].宁夏大学,马克思主义哲学,2014,硕士.
[10]许炯燊.现代温泉度假酒店功能构建与规划设计研究[D].湖南大学,建筑学,2013,硕士.
[11]张正伟.BS贸易（上海）有限公司二级营销渠道问题及对策研究[D].华东理工大学,工商管理（专业学位）,2013,硕士.
[12]杨昌利.一类具有一般不确定性非线性系统的输出反馈鲁棒自适应控制[D].华东师范大学,运筹学与控制论,2001,硕士.
[13]屈丽.β防御素-2和γ干扰素在尖锐湿疣皮损中表达的研究[D].山西医科大学,皮肤性病学（专业学位）,2013,硕士.
[14]陈中钱.平面子孔径拼接的干涉测量研究[D].南京理工大学,光学工程,2013,硕士.
[15]何春兰,刘成伦,谢太平,王媛,张静,张良.石墨烯的制备及石墨烯修饰电极对p-苯二酚的催化氧化[J].高等学校化学学报,2012,06:1290-1294.
[16]谢杰.概念设计中的创新思维与表达[D].武汉理工大学,设计艺术学,2004,硕士.
[17]全恒立.城市轨道交通混合式牵引供电装置关键技术与性能优化研究[D].北京交通大学,2013.
[18]马春明.硫辛酸对高Hcy、高糖所致小鼠足细胞内质网应激性凋亡的影响[D].山西医科大学,内分泌代谢学,2013,硕士.
[19]胡冰.拉伸工艺对聚偏氟乙烯多孔膜结构和性能的影响[D].广东工业大学,高分子化学与物理,2014,硕士.
[20]李晋琦.基于使用行为的地铁站地下换乘空间评价方法研究[D].天津大学,建筑设计及其理论,2013,硕士.
[21]董志勇,夏国文,张珍,肖倩,胡静静,韩伟.组合式水力空化反应器去除难降解污染物的试验研究[J].浙江工业大学学报,2014,02:178-181.
[22]刘生,王海平,陈兰洲.引锭杆的选择[J].一重技术.2001(Z1)
[23]陈美丽.基于感官审评与化学计量学的茶叶色香味品质研究[D].浙江大学,茶学,2013,硕士.
[24]刘娜.桔小实蝇与番石榴实蝇的生物学特性及种间竞争研究[D].云南农业大学,农业昆虫与害虫防治,2014,硕士.
[25]张龙娟.304和316L不锈钢在印染环境中的应力腐蚀试验研究[D].浙江工业大学,2010.
[26]王丽.短消息业务服务系统的研制[D].大连理工大学,计算机科学与技术,2003,硕士.
[27]张丽.大众文化对大学生思想政治教育的影响和对策[D].山西师范大学,思想政治教育,2014,硕士.
[28]方培沈.单模石英光纤和塑料光纤自动耦合系统[D].浙江大学,物理电子,2004,硕士.
[29]胡梦瑶.Gemini表面活性剂修饰量子点的合成及在蛋白质检测中的应用[D].湖北大学,分析化学,2012,硕士.
[30]戚宗刚.串联感应加热电源技术的研究[D].浙江大学,电力电子与电力传动,2004,硕士.
[31]张德田.基于模糊控制的变频调速在恒压供水系统中的应用研究[D].华北电力大学,控制工程（专业学位）,2012,硕士.
[32]戚爽.媒体监督对审计费用影响的实证研究[D].厦门大学,财务学,2014,硕士.
[33]张琳园,杨维.矿井巷道时频编码协作MC-CDMA信道估计[J].煤炭学报,2015,02:481-486.
[34]金宏健.基于2.4G无线方案（MiWi）的条形码扫描器设计与实现[D].苏州大学,软件工程（专业学位）,2013,硕士.
[35]刘立平.除草剂咪草烟的合成工艺研究[D].黑龙江大学,有机化学,2012,硕士.
[36]裘江海,沈少鸿,江忠勤.围涂工程对环境影响的综合分析[J].水利规划与设计.2005(03)
[37]刘鲤静.浦城县古楼乡毛竹产业的现状及发展对策[D].福建农林大学,农村与区域发展,2012,硕士.
[38]黄风华,王咏.基于客户端的Web使用挖掘[J].计算机时代,2003,06:3-4.
[39]路祥会.URSA患者外周血HOZOT细胞及其细胞因子的研究[D].遵义医学院,妇产科学（专业学位）,2013,硕士.
[40]高勇.基于中间件的分布式应用系统开发[D].西北工业大学,计算机软件与理论,2004,硕士.
[41]刘从新.决策支持从定性到定量[N].中国计算机报,2002-03-18.
[42]黄涛华.Ba_5LnNiM_9O_（30）（Ln=La，Nd，Sm；M=Nb，Ta）陶瓷的制备、结构与介电特性[D].武汉理工大学,材料学,2004,硕士.
[43]钱彦岭,邱静,温熙森.基于有向图故障树自动建树方法的规范化描述及其应用研究[J].自动化学报,2003,05:767-772.
[44]赵连斐.以特色管理促安全生产[J].石油化工安全技术.1996(06)
[45]郑娇.光照、氮素、水分对油松光合固碳能力的影响[D].北京林业大学,生态学,2013,硕士.
[46]王沈栋.血清降钙素原在骨折手术部位感染中的诊断价值[D].苏州大学,骨外科学（专业学位）,2014,硕士.
[47]金革穆.水利旅游环境质量评价体系研究[D].河海大学,水利工程,2003,硕士.
[48]刘瑞.“营改增”背景下长春市净月国税局纳税服务体系优化研究[D].吉林财经大学,工商管理（专业学位）,2014,硕士.
[49]高艳艳.万福生科财务造假案例研究[D].兰州大学,会计,2014,硕士.
[50]牛宝林,陈汪林,刘书媛,张世宏.氮气分压对A1CrTiSiN涂层微观结构及力学性能的影响[J].中国表面工程,2015,02:1.