草菇SSR标记遗传连锁图谱的构建

【摘要】草菇Volvariavolvacea是原产于热带、亚热带地区的重要食用菌,由于其能在高温季节出菇且生长周期短的特点,因而在食用菌生产中占据重要地位。人们对草菇遗传背景的认识还十分有限,极大地影响了草菇品种改良工作。草菇种质资源的遗传背景较为狭窄,难以获得多态性的分子标记,也阻碍了高密度遗传图谱的构建和应用。本研究基于草菇基因组序列开发SSR标记,构建了草菇遗传连锁图谱。主要结果如下：1.以草菇的两个栽培菌株屏优一号和V23为作图亲本,通过交配型分子标记筛选孢子同核体：将不同交配型的孢子同核体进行杂交,采用交配型分子标记检测及出菇试验进行杂交子鉴定；从中随机选择一个杂交子PV19进行单孢分离,挑选同核体孢子,建立了包含96个同核体单孢的分离作图群体。2.基于草菇V23-1基因组序列信息开发了1346个SSR标记,发现草菇的SSR位点以单碱基重复为主,其次是三碱基重复和二碱基重复,其它重复类型所占比例较小。利用电子PCR对SSR标记两作图亲本间的多态性进行分析,发现在4020对SSR引物中,1367对引物的电子PCR产物长度存在差异,其中1242对引物的长度差异值小于30bp。选择658对引物对电子PCR分析结果进行PCR验证,结果发现大部分SSR标记在两亲本间的多态性结果与分析结果相一致,表明应用电子PCR分析将有利于提高多态性SSR标记的筛选效率。3.选择在两亲本间具有多态性的SSR标记在作图群体中进行检测,统计标记在群体中的分型情况,利用JoinMap4.0构建草菇遗传连锁图谱。在检测的123个SSR标记中有118个SSR标记存在连锁关系,与交配型标记共同构成19个连锁群。连锁群的总长度为1287.9cM,平均图距为10.8cM。在本研究中所构建的草菇遗传图谱将为草菇的基因定位与克隆、QTL分析、分子辅助育种、物理图谱构建乃至比较基因组学研究奠定重要的基础。
【作者】熊登坤；
【导师】边银丙；鲍大鹏；
【作者基本信息】华中农业大学，特种植物育种与栽培，2014，硕士
【关键词】草菇；遗传连锁图谱；SSR；

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