长牡蛎SNP标记开发及其在家系分析和物种鉴定中的应用

长牡蛎SNP标记开发及其在家系分析和物种鉴定中的应用

作者:师大云端图书馆 时间:2015-09-24 分类:硕士论文 喜欢:3706
师大云端图书馆

【摘要】长牡蛎又称太平洋牡蛎,属软体动物门、瓣鳃纲、珍珠贝目、牡蛎科、巨蛎属,广泛分布于中国,韩国和日本的沿海,是一种广温、广盐性的内湾贝类。它是世界上最重要的海水养殖贝类之一,也是我国目前重要的海水养殖主导种类。单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNP)是当前最具潜力的分子遗传标记,遍布整个基因组,具有密度高,共显性,能稳定遗传且易自动化检测的优点,是研究遗传学和基因组学的理想分子标记。目前,利用EST数据库来进行突变位点的筛查是开发SNP标记的重要途径。高分辨率熔解曲线(Highresolutionmelting,HRM)是一种高效的突变筛查与基因分型技术,具有简单、精确及低成本等特点。本研究利用HRM技术开发长牡蛎EST-SNP标记,并对SNP在家系分析和物种鉴定中的应用进行了探讨,为今后牡蛎的高密度遗传图谱构建,种群结构分析,生物多样性保护和分子标记辅助育种等遗传学研究提供了基础资料。1.长牡蛎SNP标记的开发通过检索EST序列库,经过进一步的人工比对筛选,得到5781个EST簇和48796个候选SNP位点。随机挑选150个候选SNP设计引物,通过HRM分析方法,在一个野生长牡蛎群体中对其进行验证和分型。实验结果表明,有55个候选SNP位点显示出多态性:观测杂合度Ho的分布区间为0.063至0.560,平均值为0.284;期望杂合度He的分布区间为0.091至0.448,平均值为0.279;多态信息含量PIC从0.059-0.371,平均值为0.231;在不同亲本情况下,55个多态性位点用于家系鉴定的累积排除能力大于99.99%。2.长牡蛎SNP标记在家系分析中的应用分析55个SNP在六个长牡蛎家系中的遗传模式,结果显示有48个位点在至少一个家系中表现出多态性,呈现遗传分离;没有发现无效等位基因。在各家系中呈现分离的位点数分别为26,21,27,20,19,19。经卡方检验后,在各家系中符合孟德尔遗传分离比的位点数分别为22(84.6%),19(90.5%),16(59.3%),15(75.0%),15(78.9%),和15(79.0%),其余位点显著偏离孟德尔遗传分离比(P<0.0.5)。检验SNP位点的家系鉴定能力,模拟结果表明使用30个多态性SNP位点,家系鉴定成功率为46%,而真实的家系鉴定成功率仅为17%;当SNP位点数增加到40时,模拟值与真实鉴定的成功率都为100%;模拟结果显示多态性SNP的累计鉴定成功率随着亲本数的增加而明显降低。家系鉴定结果表明需要较多的SNP来抵消多态性低带来的负面效果以达到稳定性较好的鉴定成功率。3.SNP标记在巨蛎属近缘物种鉴定中的应用基于五种巨蛎属牡蛎(长牡蛎,葡萄牙牡蛎,近江牡蛎,香港巨牡蛎和熊本牡蛎)的线粒体16SrRNA筛选出一对引物,利用HRM分析平台直观地显示出条形码序列由SNP引起的Tm值差异,从而达到了区分物种的目的。
【作者】金玉琳;
【导师】李琪;
【作者基本信息】中国海洋大学,水产养殖,2014,硕士
【关键词】长牡蛎;SNP;EST;HRM;孟德尔遗传;家系鉴定;物种鉴定;

【参考文献】
[1]彭仲佳.热轧带钢精轧厚度设定系统的研究与应用[D].东北大学,材料加工工程,2011,硕士.
[2]钟越飞.情感类电视访谈中冲突话语研究[D].湖南科技大学,外国语言文学,2013,硕士.
[3]姜云禄.基于冷金属过渡技术的铝合金快速成形技术及工艺研究[D].哈尔滨工业大学,材料工程,2013,硕士.
[4]刘宏祥.两品种鸡生长模型探析及PGC-1α基因与肉品质及其相关基因表达的关联分析[D].扬州大学,动物遗传育种,2011,硕士.
[5]杨晶东.大连红十字血液中心管理信息系统设计与实现[D].大连理工大学,计算机科学与工程,2003,硕士.
[6]方志红.白羊草NAC转录因子基因的克隆、表达分析及遗传转化[D].山西农业大学,饲料作物生产与利用,2013,博士.
[7]吴国华,潘德惠.基于不完全信息的商机挖掘的最优停止模型[J].系统工程学报,2005,01:104-108.
[8]范小冬,曾灏,刘益强.地震资料时空变谱白化处理[J].石油地球物理勘探,1995,04:550-555+572.
[9]胡浩.碳材料对电极在染料敏化太阳能电池中的应用[D].武汉大学,2011.
[10]丁玲.非典型雇佣从业人员就业质量的研究[D].北京交通大学,2014.
[11]姚孟.钢纤维混凝土连梁双肢剪力墙抗震性能试验研究[D].郑州大学,防灾减灾工程及防护工程,2013,硕士.
[12]邱德远.氮素对油菜产量构成和生理特性的影响研究[D].华中农业大学,作物栽培与耕作学,2001,硕士.
[13]宋鹏.太阳能电池载流子辐射红外光谱扫描检测技术研究[D].哈尔滨工业大学,航空宇航制造工程,2014,硕士.
[14]赵丹.研发投入对股权结构与企业绩效关系的中介效应研究[D].内蒙古财经大学,会计学,2012,硕士.
[15]崔少恒.基于MODBUS-TCP协议的风力发电监控通讯模块的设计[D].内蒙古大学,控制工程,2013,硕士.
[16]宰世凤.CaO/Al_2O_3/Fe_3O_4催化的麦秆醇解的机理[D].中国矿业大学,物理化学,2014,硕士.
[17]吴俊君,管贻生,张宏,周雪峰,苏满佳.仿人机器人视觉导航中的实时性运动模糊探测器设计[J].自动化学报,2014,02:267-276.
[18]常亚,黄志尧,王保良,冀海峰,李海青.基于C~4D技术的气液两相流相含率测量新方法[J].工程热物理学报,2014,01:82-85.
[19]霍渊.宝鸡市农村职业教育发展研究[D].西北农林科技大学,农村与区域发展,2012,硕士.
[20]任鵷.商业银行系统的测试管理平台[D].复旦大学,软件工程,2012,硕士.
[21]李泱.中国传统国画颜料与现代合成颜料的比较研究[D].首都师范大学,美术学,2014,硕士.
[22]李耀军.基于RCM的和谐型机车维修系统研究[D].武汉理工大学,机械工程,2012,硕士.
[23]余向红.浦城县农业结构调整现状分析及对策研究[D].福建农林大学,农村与区域发展,2012,硕士.
[24]罗森林,成华,顾毓清,张铁梅,曾平,陈峰.数据挖掘在2型糖尿病数据处理中的应用[J].计算机工程与设计,2004,11:1888-1892.
[25]徐娟妹.长为2p~nq的极小循环码[D].华中师范大学,基础数学,2012,硕士.
[26]武云霞.义务教育学生申诉制度研究[D].内蒙古大学,法律,2014,硕士.
[27]刘志军.论民事诉讼举证时限[D].中国政法大学,诉讼法学,2004,硕士.
[28]孙涛.A Study on Translation of Wolf Totem from the Perspective of Rewriting Theory[D].西安外国语大学,外国语言学及应用语言学,2014,硕士.
[29]薛斌.2011-2012年长春市儿童医院儿童下呼吸道感染病原体分布及耐药性的临床研究[D].吉林大学,免疫学,2013,硕士.
[30]田苗苗.新型样品前处理方法在食品分析中的应用[D].吉林大学,2014.
[31]吕伟伟.外力介入下贫困农户生计可持续发展研究[D].兰州商学院,区域经济学,2014,硕士.
[32]宫美.基于小波有限元的悬臂裂纹梁故障诊断研究[D].东北石油大学,化工工程机械,2013,硕士.
[33]沈小枫.宁夏中宁县太阳梁移民区回族村调查研究[D].宁夏大学,人类学,2014,硕士.
[34]郭志亮.恒星对流k-ω模型的性质研究[D].中国科学院研究生院(云南天文台),天体物理,2013,硕士.
[35]陈琼,童国平,李盛.基于SSH模型的锯齿型边石墨烯纳米带电子能谱研究[J].浙江师范大学学报(自然科学版),2014,04:427-432.
[36]秦鹏.生物医药上市公司并购绩效评价[D].兰州理工大学,工商管理,2013,硕士.
[37]林丽.左半结肠癌合并急性肠梗阻外科处理-109例患者回顾性分析[D].福建医科大学,肿瘤学,2014,硕士.
[38]全勇男.傣医哦案(胆汁病)诊治规律研究[D].云南中医学院,民族医学,2012,硕士.
[39]王世建.游泳运动对高脂膳食大鼠骨骼肌HSP72和JNK蛋白表达的影响[D].河北师范大学,运动人体科学,2012,硕士.
[40]郑春红,焦李成,郑贵文.基于GA的遥感图像目标SVM自动识别[J].控制与决策,2005,11:14-17+22.
[41]刘巧英.针刺治疗爆裂性眶壁骨折致眼球运动障碍的临床观察[D].黑龙江中医药大学,针灸推拿学(专业学位),2014,硕士.
[42]王胜利.一汽大众捷达品牌大客户营销策略研究[D].吉林大学,工商管理,2012,硕士.
[43]徐广.我国中小企业信贷违约风险研究[D].西南大学,金融学,2013,硕士.
[44]靳超.财务报表舞弊的影响因子研究[D].山东财经大学,会计学,2013,硕士.
[45]李广鹏.基于PIC单片机的无线温度检测系统的设计与开发[D].东北大学,控制理论与控制工程,2010,硕士.
[46]乔媛媛.试论章太炎的新法家思想[D].浙江工商大学,专门史,2012,硕士.
[47]李宜燃.软性磨粒流抛光超声波湍流强化发展过程及实验研究[D].浙江工业大学,机械电子工程,2012,硕士.
[48]张颖.我国电子商务商业方法的专利保护研究[D].华侨大学,民商法学,2014,硕士.
[49]曾超.WGM微腔中的光限制与光发射的研究[D].哈尔滨工业大学,物理电子学,2013,硕士.
[50]张存山.永磁无刷牵引电机电磁性能研究[D].北京交通大学,2006.

相关推荐
更多