蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究

蒙古羊全基因组测序及基于转录组分析的抗寒性状遗传基础研究

作者:师大云端图书馆 时间:2015-10-09 分类:毕业论文 喜欢:3605
师大云端图书馆

【摘要】蒙古羊是我国古老的绵羊品种,以其抗逆性强、肉品质好而著称,其基因组中蕴藏着大量宝贵的遗传资源。本研究利用IlluminaHiseq2000测序平台和鸟枪法策略对蒙古羊进行了全基因组测序,为蒙古羊抗寒、抗病性强等优良性状相关基因的筛选提供了基础。测序结果显示蒙古羊基因组大小为2.91Gb,基因组组装的contigN50的长度为20.1K,scaffoldN50的长度为2731.3K,平均GC含量为42%,平均覆盖深度达到40÷以上。重复序列的大小为1.01Gb,占基因组的34.71%,其中转座因子占90%以上。利用基因结构预测和功能预测,蒙古羊基因组中约有21,704个基因,其中能确定功能的数有20,600个,占基因总数的96.70%,非编码RNA的大小占基因组的0.015%。蒙古羊基因组共鉴定了17,015个基因家族,其中特有家族为30个,没有聚类的基因有1,063个在上述研究的基础上,采用aCGH芯片技术,以绵羊基因组序列为信息设计探针,构建了蒙古羊、哈萨克羊、藏羊、湖羊和杜泊羊的拷贝数变异多样性(CNVs)图谱。结果显示,共检测出51个CNVRs,包括24个扩张型,22个缺失型和5个扩张-缺失型。通过功能注释和代谢通路分析,发现在蒙古羊和藏羊基因组中血红蛋白基因存在拷贝数扩张,可能与两种绵羊长期在高原低氧环境中的适应有关。针对蒙古羊的抗寒性状,以杜泊羊为对照,采用Illumina/Solexa测序技术,对两种绵羊在寒冷条件下的脂肪、肌肉、肾上腺和下丘脑四种组织进行转录组测序分析,分别筛选出529、75、268和161个差异表达基因。对脂肪组织的差异表达基因进行KEGG通路分析,结果显示主要参与到脂肪细胞分化、脂类合成、能量代谢调控等生物学过程。筛选到上调表达基因133个,其中RXR、FATP、AQP7参与到PPAR信号通路中,主要功能是促进脂肪细胞的分化和长链脂肪酸的转运GPAT3、ALDH2参与到甘油酯类代谢通路中,调控甘油三酯的合成;IRS1和LEP参与能量代谢的调控:核糖体28S亚基和18S亚基参与蛋白质合成作用。选择出在脂类合成和能量代谢中起重要作用的10个差异表达基因做q-PCR验证,结果与转录组测序相一致。在寒冷条件下,蒙古羊脂肪组织中脂类合成和能量代谢水平高于杜泊羊,同时蛋白质合成更旺盛,表明蒙古羊通过积累脂肪和增加代谢产生能量以抵抗热量的消耗,脂肪组织对蒙古羊的冷适应性起重要作用。蒙古羊转录组数据库的建立,揭示了该品种抗寒性状的遗传基础。
【作者】侯成林;
【导师】周欢敏;
【作者基本信息】内蒙古农业大学,动物遗传育种与繁殖,2014,博士
【关键词】蒙古羊;高通量测序;抗寒性;拷贝数变异;转录组;差异表达基因;

【参考文献】
[1]蔡文彬.核心数据库与CASHL数据库引进工作刍议──与UW-Madison图书馆核心数据库的比较分析[J].知识管理论坛,2014,02:1-6.
[2]刘婷婷.基层法院人员分类管理制度再设计[D].山东大学,公共管理(专业学位),2013,硕士.
[3]郭骁然.基于人工电磁材料的频率选择表面及吸波体的设计研究[D].北京交通大学,电磁场与微波技术,2013,硕士.
[4]陈云鹤.从十二届世界采矿会议谈我国地下矿山[J].化工矿山技术.1985(04)
[5]和丽春.区域旅游客源市场分析[D].云南师范大学,2004.
[6]雷涛,樊养余,罗维薇,王履程.矢量自对偶形态学滤波算子[J].自动化学报,2015,05:1013-1023.
[7]张悦.唐宋时期砚台初步研究[D].吉林大学,考古学及博物馆学,2013,硕士.
[8]刘立刚.永磁直驱风电机组位置传感器容错技术[D].湘潭大学,电力电子与电力传动,2012,硕士.
[9]卢德扬.水电联产系统中低温多效蒸发海水淡化装置性能分析[D].大连理工大学,热能工程,2013,硕士.
[10]杨建国,周号,雷靖,高增梁.焊接应力与变形数值模拟领域的若干关键问题[J].焊接,2014,03:8-17+69.
[11]丛澜,徐威.福建省建立流域生态补偿机制的实践与思考[J].环境保护.2006(19)
[12]于天水.A集团公司内部控制自我评价问题及对策研究[D].吉林大学,工商管理,2014,硕士.
[13]王颖.弹用加载系统监控软件设计及校验方法研究[D].西北工业大学,电力电子与电力传动,2004,硕士.
[14]黄颖.母语为英语的留学生汉语高频致歉用语使用情况及教学启示[D].安徽大学,汉语国际教育,2014,硕士.
[15]陆东梅,杨瑞霞,孙信华,吴华,郝建民.石墨烯的SiC外延生长及应用(续)[J].半导体技术,2012,10:745-749+775.
[16]张帅民.预防使用氟康唑对头孢哌酮引起的大鼠肠道真菌增殖和易位的影响[D].遵义医学院,普外科(专业学位),2012,硕士.
[17]游宇.不凡的艺术世界[D].中央美术学院,美术学,2013,硕士.
[18]陈典.西部地区农村金融发展的经济效应研究[D].西南大学,金融学,2013,硕士.
[19]孙九林,施慧中.中国地球系统科学数据共享服务网的构建[J].中国基础科学,2003,01:78-83.
[20]洪士焱.参黄散改善大鼠腹部术后小肠动力障碍的实验研究[D].浙江中医药大学,中西医结合临床(专业学位),2014,硕士.
[21]梁志乐.邓老益气化痰方对高血压的疗效及颈动脉保护的研究[D].广州中医药大学,中医内科学(专业学位),2013,硕士.
[22]赵方平,魏庆朝.集装箱单箱三维装载可视化系统的应用——以泸州港为例[J].物流技术,2014,22:84-87.
[23]赵松芬.招标代理机构供应商综合管理模型系统的设计与开发[D].电子科技大学,软件工程(专业学位),2012,硕士.
[24]孟祥红.ILT2在结核患者NK细胞的表达及作用研究[D].中国人民解放军军事医学科学院,病原生物学,2014,博士.
[25]王刚,周小辉.r重a尺度正交平衡插值多小波的设计[J].自动化学报,2012,12:1996-2004.
[26]吴琼.战后西德对纳粹历史的反省研究[D].华中师范大学,世界史,2014,硕士.
[27]罗曼.中国蓝染与日本型染工艺文化的差异研究[D].北京服装学院,设计艺术学,2012,硕士.
[28]王满军.西安大都市圈整体空间构架的特色研究[D].西安建筑科技大学,城市规划与设计,2013,硕士.
[29]谢静.城市监狱视觉形象符号的研究与实践[D].湖北工业大学,艺术设计(专业学位),2013,硕士.
[30]王雪梅.高三英语教学中情感教育问题研究[D].东北师范大学,教育,2012,硕士.
[31]徐晓东.网络教学的理论与中学物理课堂教学实践[D].上海师范大学,教育,2004,硕士.
[32]刘涛.Z公司二期生产车间设施布局设计[D].西南交通大学,工业工程,2014,硕士.
[33]胡绍宝.刑法中的暴力相关基础理论梳议[D].华东政法大学,法律,2012,硕士.
[34]王行.暖化湿地土—水界面碳磷耦合迁移特征及微生物生态学响应—微宇宙研究[D].浙江大学,环境工程,2014,博士.
[35]张自光.企业财务管理中的成本控制研究[J].企业改革与管理,2014,05:113.
[36]左小红.三皮止痒胶囊治疗湿热型湿疹的临床疗效观察及对外周血EOS的影响[D].成都中医药大学,中医外科学,2012,硕士.
[37]孙邦升.高淀粉马铃薯核心种质的构建与验证[D].中国农业科学院,作物(专业学位),2012,硕士.
[38]罗敏.思想政治教育中受教育者的接受心理研究[D].东北大学,思想政治教育,2009,硕士.
[39]刘磊.土地利用总体规划中新增建设用地指标时空分配研究[D].河北农业大学,土壤学,2012,硕士.
[40]田宇.圆钢管混凝土短柱轴压性能尺寸效应试验研究[D].哈尔滨工业大学,结构工程,2014,硕士.
[41]刘楠楠.中国延迟退休制度改革研究[D].河北大学,社会保障,2014,硕士.
[42]欧亚.基于纳米材料用于表面增强拉曼光谱的制备和研究[D].华中师范大学,分析化学,2014,硕士.
[43]李莹莹.苹果收获机器人果树枝干信息获取技术研究[D].南京农业大学,农业电气化与自动化,2012,硕士.
[44]梁剑锋.长春市社会体育指导员人才培养与需求对接研究[D].吉林大学,社会体育指导,2014,硕士.
[45]刘刚,张朋,李伟东,胡晓兰,包建文,益小苏.结构化增韧层增韧RTM复合材料预成型体的渗透特性[J].复合材料学报.
[46]杨阔,黄建辉,董丹,马文红,贺金生.青藏高原草地植物群落冠层叶片氮磷化学计量学分析[J].植物生态学报,2010,01:17-22.
[47]路路.我国机械及运输设备行业出口复杂度研究[D].中共江苏省委党校,世界经济,2013,硕士.
[48]赵树洋.车辆综合收费监督管理系统的设计与实现[D].吉林大学,软件工程,2014,硕士.
[49]汤雯.可可多酚主要成分鉴定及其体外抗氧化活性评价[D].浙江大学,园艺学,2012,硕士.
[50]王红宇.非英语专业大学生英语阅读教学中应用语境的实验研究[D].长春师范大学,课程与教学论,2013,硕士.

相关推荐
更多