L02/HBx细胞长链非编码RNA的表达谱分析及初步生物信息学研究

【摘要】目的研究L02/HBx细胞与L02/pcDNA3.0细胞的长链非编码RNA（lncRNA）表达谱,对差异基因进行初步生物信息学分析。方法选取实验组L02/HBx,对照组转染空质粒的L02细胞（L02/pcDNA3.0）作为实验对象,分别提取两组细胞的总RNA并纯化,检验RNA质量,反转录得到cDNA,并合成生物素标记的cRNA探针。利用lncRNA芯片技术检测两组的lncRNAs和mRNAs表达谱的差异,经过对原始数据进行预处理、均一化后,筛选出差异表达的lncRNAs和mRNAs,进行统计学分析。分别选取上调的lncRNA4个：TCONS00006195,ENST00000557524,NR037597,ENST00000539975,下调的lncRNA3个：ENST00000508424,ENST00000447433,uc0011va.4,采用SYBRGREENI实时荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）在两细胞株中验证,并用GAPDH做内参。综合NCBIRefSeq,UCSC,RNAdb,lncRNAs等数据库资源,对芯片结果进行GO,pathway初步生物信息学分析。结果1.将实验组和对照组lncRNAs表达量比较：其中2倍以上变化且差异有统计学意义（P<0.05）的lncRNAs和mRNAs。与对照组比较,实验组中lncRNA上调2倍以上变化的共323条,下调2倍以上变化的共421条；mRNA上调2倍以上变化的共742条,下调2倍以上变化的共501条。2.采用SYBR绿色荧光染料（SYBRGREENI）实时检测的聚合酶链反应（RT-PCR）验证表达上调的4个lncRNAs:TCONS00006195,ENST00000557524,NR037597,ENST00000539975,表达下调的3个lncRNAs:ENST00000508424,ENST00000447433,uc0011va.4,和芯片结果基本吻合。3.GO（GeneOntology）分析显示,在差异表达的mRNA中,上调表达的有526个参与生物学进程,下调表达的680有个参与生物学进程；上调表达的有68个参与细胞组件,下调表达的有59个参与细胞组件；上调表达的有77个参与分子功能,下调表达的有86个参与分子功能。4.Pathways分析显示,在L02/HBx细胞中有52条通路（pathway）受上调的mRNAs调控,有21条通路受下调的mRNAs调控。结论1.与对照组比较,L02/HBx细胞株lncRNAs表达谱发生了显著变化。其中RT-PCR验证TCONS00006195ENST00000557524,NR037597,ENST00000539975表达上调,ENST00000508424,ENST00000447433,uc0011va.4表达下调。2.生物信息学初步分析L02/HBx细胞株中差异表达的mRNA涉及到L02/HBx细胞的生长、分化、凋亡以及整个细胞周期过程。涉及到的通路包括：信号传导途径、凋亡途径、细胞周期途径等。
【作者】匡栩源；
【导师】范学工；
【作者基本信息】中南大学，临床医学，2014，博士
【关键词】长链非编码RNA；lncRNA芯片；HBx基因；

【参考文献】
[1]熊江.乔纳森·萨福兰·福厄小说中的身份危机和身份建构[D].上海大学,英语语言文学,2013,硕士.
[2]朱春芳.法之适用范围的立法技术研究[D].华东政法学院,宪法学与行政法学,2004,硕士.
[3]陈曼曼.日本未婚女性择偶标准的变化及原因[D].首都师范大学,日语语言文学,2013,硕士.
[4]王晶.詹姆逊的乌托邦理论探析[D].辽宁大学,马克思主义哲学,2012,硕士.
[5]王久成.新时期高校党建群众路线研究[D].厦门大学,思想政治教育,2014,硕士.
[6]刘洋.碳纳米片的制备及其性能研究[D].哈尔滨工程大学,2012.
[7]杨洋.舒城县农业科技特派员制度研究[D].安徽大学,行政管理,2013,硕士.
[8]周頔,孙俊,须文波.具有量子行为的协同粒子群优化算法[J].控制与决策,2011,04:582-586.
[9]闫宁宁.低成本AZO薄膜的制备与表征[D].中国建筑材料科学研究总院,材料学,2013,硕士.
[10]陆小刚.真型试验线路六分裂导线防舞数值模拟研究[D].重庆大学,力学,2014,硕士.
[11]孔繁贞.保型性针织帽性能及工艺的研究[D].浙江理工大学,纺织工程,2013,硕士.
[12]梁利莉.数据挖掘技术在CRM中的应用研究[D].首都经济贸易大学,2005.
[13]苏宜根.变异刚拱架结构设计理论及实践研究[D].西安建筑科技大学,结构工程,2004,硕士.
[14]刘志兰.鄂尔多斯高原本氏针茅植物群落对沙埋和降水的响应[D].内蒙古农业大学,水土保持与荒漠化防治,2013,硕士.
[15]仲伟明.宽带多媒体卫星星上IP交换技术研究[D].哈尔滨工业大学,信息与通信工程,2013,硕士.
[16]张乐.丝网印刷法制备钛酸铋钠基铁电厚膜材料及其储能行为研究[D].内蒙古科技大学,材料学,2014,硕士.
[17]徐喆垚,齐乃明,孙启龙,王田野.航天器三自由度模拟器自动配平[J].系统工程与电子技术.
[18]陈淼.文冠果组织培养再生体系的建立[D].内蒙古大学,生物工程,2014,硕士.
[19]夏琰.论我国基层税务稽查执法的完善[D].华中科技大学,法律,2013,硕士.
[20]董敏.我国上市银行收入结构转型问题研究[D].山西财经大学,金融学,2013,硕士.
[21]何文凤.CRP诱导人脐静脉内皮细胞凋亡及阿托伐他汀的保护作用[D].川北医学院,内科学,2014,硕士.
[22]周腾.基于RBF神经网络的车牌识别技术的研究[D].哈尔滨理工大学,模式识别与智能系统,2012,硕士.
[23]杜海峰,王孙安.复杂机电系统的智能控制[J].机床与液压,2001,05:25-28+2.
[24]曹宇.银行资产管理业务对接产业基金的研究[D].上海交通大学,工商管理,2013,硕士.
[25]李佳健.20例腹腔镜胆囊切除术胆管损伤外科诊治体会[D].山东大学,外科学（专业学位）,2013,硕士.
[26]陈玉忠.煤粉自由射流气固两相燃烧的数值模拟[D].重庆大学,热能工程,2003,硕士.
[27]崔瑾.对于DVB前端复用、IP传输及SFN同步的[D].西安电子科技大学,通信与信息系统,2003,硕士.
[28]马睿.S波段多单元径向线阵列天线馈电系统的设计[D].西南交通大学,电磁场与微波技术,2013,硕士.
[29]赵志远.基于永磁同步电机的电梯门机驱动器设计与优化[D].华中科技大学,控制工程,2013,硕士.
[30]靳凯.生产制造业库存管理与控制研究[D].大连海事大学,交通运输工程,2012,硕士.
[31]张克松.柴油机燃烧的数值模拟研究[D].山东大学,2013.
[32]赵赟.基于承销商与发行商博弈行为视角的IPO发行与抑价研究[D].哈尔滨工业大学,金融学,2014,硕士.
[33]余调娟.混合办公废纸（MOW）处理技术的研究[D].浙江工业大学,化学工程,2004,硕士.
[34]田荣,陈晓君,姚成.基于3DOMCs-PB–CNT电极和GO-Au纳米复合材料构建的超灵敏的DNAzyme传感器检测铜离子[A].中国化学会.中国化学会第29届学术年会摘要集——第04分会：纳米生物传感新方法[C].中国化学会:,2014:1.
[35]裴凯乾.钛合金环件控温轧制的研究[D].燕山大学,机械设计及理论,2014,硕士.
[36]王珏.基于URL及上下文的并行分块处理主题爬虫研究[D].复旦大学,计算机应用技术,2012,硕士.
[37]孙庆.中小学学科教学质量监测分析系统设计与实现[D].上海交通大学,软件工程,2013,硕士.
[38]郭唐兵.我国农田水利供给的有效性研究[D].云南财经大学,国民经济学,2013,硕士.
[39]吴义军.大连市中级人民法院信息化中的若干非技术因素影响研究[D].大连理工大学,工商管理,2004,硕士.
[40]郭波.地研中心石油勘探项目的质量控制管理研究[D].西北大学,工商管理（专业学位）,2014,硕士.
[41]孙琛.翻白草中总黄酮的提取及降血糖作用研究[D].西北大学,中药学,2013,硕士.
[42]张喜琴.试论晋商制度变迁阶段[D].山西大学,经济史,2004,硕士.
[43]邓觅.一体式A/O反应器对猪场沼液脱氮除磷机制与效果的研究[D].南昌大学,环境工程,2014,硕士.
[44]朱婵.基于焦点企业成长的集群创新网络演进过程及引导政策[D].湖南科技大学,应用经济学,2013,硕士.
[45]王文松.洞庭湖水沙关系及其对干旱灾害的影响分析[D].湖南师范大学,自然地理学,2013,硕士.
[46]梁越.青海省矿产资源开发利用的法律制度研究[D].长安大学,经济法学,2013,硕士.
[47]孙文娟.汉语描写女性的语汇研究[D].山西师范大学,语言学及应用语言学,2013,硕士.
[48]丁灏.废铝易拉罐的净化及变质工艺研究[D].中北大学,材料加工工程,2013,硕士.
[49]王政.基本养老保险对城镇居民消费的影响研究[D].吉林大学,金融,2014,硕士.
[50]喻洋.刨切加工表面形貌的数学建模及刨切切屑变形规律的研究[D].广西科技大学,机械设计及理论,2013,硕士.