来源梨的苹果褪绿叶斑病毒和两种类病毒的分子特性研究

【摘要】为明确我国栽培梨的苹果褪绿叶斑病毒(Applechloroticleafspotvirus)和两种类病毒(苹果锈果类病毒(Applescarskinviroid,ASSVd)和梨泡状溃疡类病毒(Pearblistercankerviroid,PBCVd))的分子特性,测定了来源3个种的ACLSV梨分离物的基因组序列,同时测定了来源梨和苹果的ASSVd全长RNA序列和来源梨的PBCVd全长序列。取得的研究结果如下：1.ACLSV分子特性研究：对来源于我国栽培沙梨、白梨和西洋梨的的3个ACLSV梨分离物的基因组序列进行了测定,结果显示ACLSV-JB分离物基因组全长为7560nt(不含PolyA尾)；ACLSV-KMS和ACLSV-YH分离物基因组为7528nt(5’末端约30nt未得到,不含PolyA尾)。与已报道的ACLSV的基因组结构一致,包括3个部分重叠的开放阅读框(ORF1-3),其中ORF1大小为5637nt,编码分子量约为216kDa的与病毒的复制相关蛋白(RdRp);ORF2为1377nt,编码大小约50kDa的与病毒的移动相关蛋白(MP);ORF3为582nt,编码大小约28kDa的病毒外壳蛋白(CP)。所获3个ACLSV分离物的基因组相似性为87.3-100%,与已报道的11分离物相似性为68.4-83.1%。对甲基转移酶下游高度可变区的编码氨基酸(468-678aa)序列系统进化分析的结果显示,各ACLSV分离物的系统进化关系与其全基因组分析结果一致,暗示这一高度变异的区域可能与ACLSV的进化相关。3个分离物的CP氨基酸序列比对结果显示,这些分离物具有与“B6”型分离物相似的特异性氨基酸位点(S40-V59-Y75-T130-L184)。2.ASSVd的检测与分子特性研究：采用RT-PCR方法对来源我国475份梨样品和32份苹果样品携带ASSVd进行了检测,其中89份梨样品和21份苹果样品为ASSVd阳性。测定了来源37份梨样品和13份苹果样品的ASSVd全长RNA序列,序列分析结果表明,这些ASSVd分离物全长为329-335nt,核苷酸序列相似性为90.7-100%,与GenBank登录的ASSVd分离物序列相似性为87-99%。系统进化树分析发现不同来源的ASSVd分离物聚为两组,其中组Ⅰ为优势分子组群。二级结构分析结果表明,获得的ASSVd分离物的序列变异主要发生在二级结构的左端区(TL)、致病区(P)和右端区(TL)三个区域。3.PBCVd的检测与分子特性研究：采用RT-PCR法从4个省的94株梨树样品中检测到了7份PBCVd阳性样品,并对这些阳性样品的PBCVd进行全长RNA序列测定,结果表明,除1个分离物全长为314nt外,其它6个PBCVd分离物全长RNA均为312nt。与已报道的PBCVd序列相比,这7个分离物有11个位点发生了变异,其中包括4个位点的缺失(位点101、119、187和249)、一个位点的插入(位点54)及6个位点的变异(G48→A、C142→T、T149→C、T176→C、C234→G、G235→C235)。
【作者】朱慧；
【导师】洪霓；
【作者基本信息】华中农业大学，植物病理学，2014，硕士
【关键词】梨；苹果褪绿叶斑病毒；苹果锈果类病毒；梨泡状溃疡类病毒；基因组；序列测定；系统进化分析；

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