中国产志贺毒素大肠杆菌(STEC)O157:H7的单核苷酸多态性(SNP)分型研究

中国产志贺毒素大肠杆菌(STEC)O157:H7的单核苷酸多态性(SNP)分型研究

作者:师大云端图书馆 时间:2015-06-23 分类:开题报告 喜欢:2527
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【摘要】产志贺毒素大肠杆菌(Shigatoxin-producingEscherichiacoli,STEC)O157:H7是一类重要的人畜共患病病原,可引起人水样腹泻、出血性肠炎以及溶血性尿毒综合征等。单核苷酸多态性(Singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)分析是近年来用于揭示0157:H7群体基因组水平多样性、流行病学关系以及详细了解0157:H7演化过程的一种基因分型方法。我们对于中国0157:H7菌株之间以及中国菌株与其他国家菌株之间的遗传关系所知甚少。本研究采用了Manning等人以及Clawson等人建立的SNPs分型体系,共计64个SNP位点,将中国325株STECO157:H7菌株分为5个SNP基因型(SG-1~SG-5)。最常见的基因型为SG-5型(79.69%)及SG-1型(14.46%)。从患者分离的菌株集中在SG-1型及SG-5型,仅一株存在于SG-3型中。47株SG-1型菌株,通过Xuzhou21基因组特异SNPs位点可分为两个亚型(SG-1.1和SG-1.2)。SG-1.1型菌株是导致1999苏皖疫情相关菌株。1999年HUS/HC从患者分离的菌株集中在SG-1.1。根据MLST分型结果,136株中国STECO157:H7菌株分为4个ST型别:ST23、ST24、ST96和ST97。MLST分型结果与SNP分型结果有较好的一致性且SNP分型能力较强。ST24型菌株包括SG-2及SG-3两个基因型,同时,ST23型菌株包括SG-4和SG-5基因型。ST96和ST97属于相同的基因型SG-1,SG-1.1亚型菌株为ST96型,SG-1.2亚型菌株为ST97型。中国STECO157:H7菌株有5个基因型,且在Manning等人划分的Clade以及Clawson等人区分的分支中,均显示较远的遗传关系,表明这些基因型菌株在我国是平行传播的。我们对5个SG型别的36株菌进行重测序,做基因组间SNP分析,结果显示,36株0157:H7菌株共计有2486个SNPs,其中包括同义突变位点809个和非同义突变位点1195个,基因间的SNP位点475个,终止突变位点7个。基于全基因组SNP位点的分型结果,SG-5菌株呈分散状态。另外,SG-2、SG-3的3株菌为ST24型菌株,呈现出较分散的3个分支,提示SG-2、SG-3存在较大差异。可通过这些SNPs位点区分出SG-1型菌株中和1999年苏皖疫情相关的SG-1.1型菌株。
【作者】孟琼;
【导师】徐建国;
【作者基本信息】中国疾病预防控制中心,病原生物学,2014,博士
【关键词】O157:H7;单核苷酸多态性;暴发菌株;SNP基因型;

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