【摘要】随着近些年来测序技术的飞速发展,人类产生了海量的生物序列数据,亟需通过有效的计算手段进行分析和处理。而在众多的生物序列分析与处理问题中,生物序列数据的k-mer频次信息是一种非常关键且重要的序列特征,它在序列比对、序列拼接、序列聚类、模体发现等诸多的问题上得到了广泛的应用。面对大规模数据,k-mer频次统计的算法以及其可视化问题就显得至关重要,本文就围绕着这两个方面进行研究,其主要内容和贡 […]

【摘要】生物信息学是一门关于生物学数据处理的学科，它将病理研究建立在精确的数据分析和模型构建的基础上，能够推动未来的疾病预测、预防、个性化、系统化等方面的发展，对生物医学产生深远的影响。基因调控网络是生物网络中的一种类型，也是后基因组信息学的主要研究内容之一，它是根据生物信息学的技术和方法以数据分析、建模和推断等方式所研究出的复杂的网络关系。传统的基因调控网络重构方法有布尔网络模型、互信息关联模型 […]

【摘要】作为最原始的多细胞生物,海绵(多孔动物门,Porifera)已经在地球上生存了至少6亿年。自出现以来,海绵一直在生态系统方面扮演重要角色。近年来,海绵作为具有生物活性海洋天然产物的主要来源得到了广泛研究。此外,海绵骨针的特性及其生长机制和生物矿化过程也是研究热点。人们普遍认为海绵是现存最古老的多细胞种系,因此它在多细胞分化研究中的地位举足轻重。虽然海绵可被利用的价值如此之高,但是关于海绵的 […]

【摘要】马铃薯（Solanumtuberosum）是重要的粮菜兼用作物，它在食物安全结构中具有举足轻重的地位。马铃薯青枯病（BacterialWilt）是由茄科雷尔氏菌（Ralstoniasolanacearum，俗称青枯菌）引起的毁灭性土传病害，马铃薯种植和生产常受青枯病的严重威胁。生物信息学（bioinformatics）是在人类基因组计划的背景下，生物信息学作为一门新的交叉学科应用而生。它的 […]

【摘要】糖苷水解酶是一类具有重要意义的酶。α-甘露糖苷酶(α-Man)和p-氨基己糖苷酶(β-Hex)是生物界广泛存在的糖苷水解酶。本研究通过已公布的甜瓜基因组数据库预测出8个α-Man和3个β-Hex基因家族成员,进行生物信息学分析,并且克隆CmMAN2和CmHEX1基因的cDNA序列。甜瓜CmMAN2基因全长1538bp,编码512个氨基酸。CmHEXl基因全长1666bp编码,505个氨基酸 […]

【摘要】大豆疫霉(Phytophthorasojae)侵染大豆可引起幼苗猝死和成株的根腐病。自1948年在美国首次被发现以来,大豆疫霉根腐病已成为世界大豆生产上的主要病害之一,每年给大豆产业带来巨额经济损失。因此研究和探讨大豆疫霉的侵染及致病机制,对大豆生产及大豆疫霉病害的防治非常关键。近年来随着分子生物学及生物信息学的迅速发展,卵菌的遗传转化技术不断成熟与完善,尤其是大豆疫霉等几个疫霉种基因组序 […]

【摘要】螺原体(spiroplasma)是一类无细胞壁、形态呈螺旋状的原核生物,以昆虫和植物为主要宿主,大多数与宿主互生,少数对动植物具有致病性。国外研究人员从虻蝇类昆虫体内分离到大量的螺原体,这类昆虫体内具有丰富的螺原体资源。而国内有关昆虫螺原体的研究很少。本研究的目标首先是调查我国虻蝇类昆虫体内螺原体的存在情况,初步了解螺原体的生物多样性和地理多样性。此外,螺原体引起的蜜蜂爬蜂病在我国发生普遍 […]

【摘要】信息技术迅速发展，使得计算机作为必须的科研工具的地位越来越坚固，今天我们生活中几乎每个关键领域都和计算机有着密不可分的联系。比如计算机分析金融趋势、计算机解决数据物理问题、使用CAD等设计绘图软件完成建筑设计或者土木工程规划等等。近些年来,生物信息和计算机技术两个领域在很多方面也出现了交叉。事实上，生物信息学的发展，在很大程度上依赖于计算机的发展，后者强大运算能力能够处理生物实验中出现的大 […]

【摘要】癌症是人类健康的头号杀手，各国的科学家和医疗工作者长期以来一直致力于探讨和研究癌症发生、发展的机制，试图找到预防、诊断、监控和治疗肿瘤的有效方法。在生命科学中，分析DNA、RNA、蛋白质的功能一向是非常重要的事情。自从2006年开始的新一代测序技术使得基因组测序成本大幅降低，各国纷纷启动了癌症基因组计划，产生了大量的癌症基因组数据（如TCGA），提供了越来越多癌症的基因突变、表达图谱等，这 […]

【摘要】在开发新药的过程中，传统方法具有周期长、开销大、盲目性强以及药物作用机理不明等显著缺点。随着人类基因组计划的完成以及生物信息学技术快速发展，推动了计算机辅助药物设计的进步。药物与受体蛋白之间交互作用的鉴定是计算机辅助药物设计在药物开发进程中至关重要的环节。生物实验的方法费时费力，而目前研究此类问题的计算方式大都是基于蛋白质三维结构信息的，而对于数量众多的结构未知的蛋白质，必须通过结构已知的 […]